Con el objeto de evaluar los factores que influyen la calidad microbiológica del semen, elaborado en la Estación Experimental Choquenaira en la gestión 2021, se evaluaron dos áreas de procesamiento de semen. El tipo de investigación utilizado fue cuantitativa con un diseño experimental, transversal (seis variables y tres indicadores de cada uno). Se realizó un diagnóstico del laboratorio de biotecnología del procesamiento de obtención de semen, de la Estación Experimental de Choquenaira sobre el desarrollo de sus actividades en dos áreas: colecta y morfología del semen. Evaluando factores críticos: lavado de manos (LM), prepucio (P), vagina artificial (VA) y medio ambiente (MA), factores que afectan la calidad microbiológica del semen bovino Aplicando un tratamiento y protocolos de higiene en 3 tiempos (T) con intervalos de 2 meses, las muestras fueron procesadas en el Laboratorio de Microbiología del Programa de Medicina Veterinaria y Zootecnia. La evaluación se realizó con el análisis de varianza (p<0,05) y comparación de medias con la prueba de Duncan. Para la interpretación de resultados se utilizó valores de referencia de la OPS y FAO. Los resultados hallados en la investigación son: en las área de Colecta y Morfología del semen, la evaluación diagnostica de calidad microbiológica de los indicadores Mesofilos Aerobios Totales, Coliformes Totales y S. aureus, el 100% no ingresa dentro de los valores de referencia según la OPS (<100 UFC/ml LM y P; <10 UFC/ml VA;<10 UFC/placa MA) y FAO (500 UFC/ml SF y SC). Se aplicó tratamiento (clorhexidina, protocolo de higiene) en tres tiempos, en las dos áreas de investigación: T1, en la evaluación microbiológica de ambas áreas, se logra disminuir la carga microbiológica en todos los Indicadores, pero en el área de colecta aun no ingresa dentro de los valores de referencia; T2 aún se tiene problemas con el prepucio y lavado de manos mostrando un desarrollo microbiológico que supera el rango utilizado; T3 todos los indicadores ingresan dentro de los valor de referencia, a la aplicación del análisis de varianza se observa una diferencia estadística significativa ( p<0,05). Se concluye que con la aplicación de clorhexidina, protocolos de higiene, capacitación continua se obtiene un semen de calidad, aceptando así la hipótesis alterna.