La investigación trabajo con aguas residuales que se encontraban aún en proceso de descontaminación, no se trabajó ninguna muestra a efluentes.  Las muestras de aguas residuales analizadas proceden de tres distintos tipos de sistemas de tratamiento, todas las muestras se tomaron de la sección del proceso secundario del tratamiento.  Se caracterizaron los tipos de aguas residuales de las aguas crudas del campo en el laboratorio y una porción de la muestra se dispuso en reactores anaerobios y aerobios en condiciones de laboratorio para homogenizar las características de cada agua, para un posterior análisis de agentes microbiológicos que pudieran contener. La primera etapa consistió en la caracterización físico-química de las muestras de aguas residuales de efluentes de un tratamiento secundario y de los reactores del laboratorio; los resultados se compararon con los estándares costarricenses, para verificar funcionamiento de cada sistema y posterior a esta caracterización se dispusieron diferentes medios de cultivos para determinar coincidencia de microrganismos que pudieran favorecer el proceso de descontaminación, de las aguas crudas y de las tratadas en los reactores del laboratorio.