Introduction: Species categorized as threatened according to the IUCN are recognized as a global conservation priority, and their vulnerability to extinction demands immediate conservation actions. The Cotón River watershed, which includes the Las Tablas Protected Zone and the Pájaro Campana Biological Reserve, is one of the watersheds with more threatened species in Costa Rica: at least 35 vertebrate species under extinction risk. Objective: To identify the threatened species in the watershed and their threats, as a basis for conservation. Methods: Since 2016, species have been identified with camera traps, direct observation in transects, point counts and free surveys. Threats were identified with face-to-face workshop “social mapping”. Results: We obtained recent records of 12 Vulnerable, 7 Endangered and 1 Critically Endangered species (13 from conventional and 18 from workshops). Threats include illegal hunting, deforestation and excessive use of agrochemicals. Conclusion: We recommend direct efforts and raising awareness to conserve the significant threatened fauna of The Cotón River watershed.Introducción: Las especies categorizadas como amenazadas según la UICN son reconocidas como una prioridad mundial de conservación, y su vulnerabilidad a la extinción demanda acciones inmediatas de conservación. La cuenca del río Cotón, que incluye la Zona Protegida Las Tablas y la Reserva Biológica Pájaro Campana, es una de las cuencas con más especies amenazadas en Costa Rica: al menos 35 especies de vertebrados en peligro de extinción. Objetivo: Identificar las especies amenazadas en la cuenca y sus amenazas, como base para su conservación. Métodos: Desde 2016 se identifican especies con cámaras trampa, observación directa en transectos, conteos puntuales y censos libres. Las amenazas se identificaron con talleres presenciales de “mapeo social”. Resultados: Obtuvimos registros recientes de 12 especies Vulnerables, 7 En Peligro y 1 En Peligro Crítico (13 de estudio convencional y 18 de los talleres). Las amenazas incluyen la caza ilegal, la deforestación y el uso excesivo de agroquímicos. Conclusión: Recomendamos esfuerzos directos y de sensibilización para conservar la importante fauna amenazada de la cuenca del río Cotón.