É possível afirmar que no contexto do século XXI a biodiversidade, em todos os seus níveis, encontra-se ameaçada. Para a sua proteção são desenvolvidas diversas alternativas, dentre as quais se encontra o mecanismo das áreas protegidas. Dessa forma, o presente artigo se propõe a analisar brevemente os sistemas de proteção de áreas naturais da Costa Rica e do Brasil, enaltecendo suas principais características, estruturas e divergências. Demonstrando assim, suas principais contribuições para a proteção da biodiversidade.