Introduction: Group or colony size is an important variable that is related to biological, ecological, and conservation aspects of bats. However, estimating the size of each colony or group in roosts used by more than one species is particularly difficult, especially when recapture rates are very low (< 10 %). Objective: Estimate the colony size of 14 species of bats: one emballonurid, one natalid, four mormoopids, seven phyllostomids, and one vespertilionid, which roosted throughout one year (July 2016 to June 2017) in a mine and two caves -Cerro Huatulco and El Apanguito- in the Sierra Sur and Costa of the state of Oaxaca. Methods: We constructed capture-recapture histories per species and roost, and for species for which we obtained recaptures that represented at least 10 % of the captures, we used the probabilistic Cormack-Jolly-Seber model. In the case of species with no recaptures or with a recapture proportion lower than 10 %, we estimated the number of individuals per roost by applying the same proportion between the number of captured specimens and the estimated number for species with recaptures greater than 10 % and that they belonged to the same family or trophic guild. Results: The total estimated number of bats in the three studied roosts was 20 105. The highest colony size estimates were for the mormoopids P. fulvus and P. mesoamericanus from El Apanguito and P. fulvus from Cerro Huatulco, with 6 609, 4 092 and 2 212 individuals, respectively. Conclusions: The methodology used in this study allowed estimating the colony size for all registered species, even though only for 21.42 % the recapture rates were greater than 10 %. Therefore, we consider that this methodology represents a viable alternative to estimate colony size in other roosts. This information, together with the high species richness and importance for reproductive processes, allow us to propose these sites as Bat Protection and Conservation Areas in Mexico.Introducción: El tamaño del grupo o colonia es una variable importante que está relacionada con los aspectos biológicos, ecológicos y de conservación de los murciélagos. Sin embargo, estimar el tamaño de cada colonia o grupo en refugios utilizados por más de una especie es particularmente difícil, especialmente cuando las tasas de recaptura son muy bajas (< 10 %). Objetivo: Estimar el tamaño de la colonia de 14 especies de murciélagos: un emballonúrido, un natálido, cuatro mormópidos, siete filostómidos y un vespertiliónido, que se refugiaron durante un año (Julio 2016 a Junio 2017) en una mina y dos cuevas -Cerro Huatulco y El Apanguito- en la Sierra Sur y Costa del estado de Oaxaca. Métodos: Construimos historias de captura-recaptura por especie y refugio, y para las especies que se obtuvieron recapturas que representaban al menos el 10 % de las capturas, utilizamos un modelo probabilístico de Cormack-Jolly-Seber para estimar el tamaño de sus colonias. En el caso de especies sin recapturas o con una proporción de recaptura inferior al 10 %, estimamos el número de individuos por refugio aplicando la misma proporción entre el número de individuos capturados y el número total estimado para las especies con recapturas mayores del 10 % y que pertenecieran a la misma familia o gremio trófico registradas con la mayor similitud ecológica y con suficientes recapturas para aplicar el modelo Cormack-Jolly-Seber. Resultados: El número total estimado de murciélagos en los tres refugios de estudio fue de 20 105. Las estimaciones de tamaño de colonia más altos fueron para los mormópidos P. fulvus y P. mesoamericanus de El Apanguito y P. fulvus en Cerro Huatulco, con 6 609, 4 092 and 2 212 individuos, respectivamente. Conclusiones: La metodología utilizada en este estudio permitió estimar el tamaño de la colonia para todas las especies registradas, a pesar de que solo para el 21.42 % las tasas de recaptura fueron superiores al 10 %. Por lo tanto, consideramos que esta metodología representa una alternativa viable para estimar el tamaño de colonia en otros refugios. Esta información, junto con los procesos de alta riqueza de especies y reproducción que tienen lugar en esta área, permiten proponer estos sitios como áreas de protección y conservación de murciélagos en México.