Few studies have explored the ecology and interrelationship with other organisms of the many endangered freshwater turtle species inhabiting the Neotropical region. The focus of the current study was to shed light on the relationship between Neotropical turtle carapaces and primary producers, insofar as the surface of former constitutes a suitable substrate for the colonization and establishment of the latter. The under-explored relationship between turtle carapaces and the diatom assemblages inhabiting them was investigated and characterized in terms of taxonomic and biological traits (bio-volume, life-form, and attachment). The carapaces of seven native turtle species were surveyed. Among these carapaces, a total of 45 diatom taxa were found, and diatom taxa varied among turtle species. Podocnemis vogli and Podocnemis expansa supported more diverse diatom assemblages than Podocnemis lewyana, Rhinoclemmys diademata, and Rhinoclemmys melanosterna, which were dominated by Navicula spp. Analysis, further showed that carapace size did not explain differences in diatom diversity. However, a trait-based analysis suggests that both carapace roughness and an assemblage’s successional stage might explain the differences in assemblage composition. Because turtles can serve as dispersal vectors, characterizing their epibiont diatom assemblages may contribute to our understanding of diatom distribution on larger scales, as well as, give us some clues as to the auto-ecology of turtles that help us to effectively determine conservation areas for these endangered species.De las especies de tortugas en estado crítico o vulnerable de conservación que habitan en la región Neotropical, son pocos los estudios que han ahondado en su ecología o relaciones con otros tipos de organismos. El presente estudio buscó caracterizar la asociación existente entre las diatomeas y el caparazón de especies de tortugas neotropicales, ya que este representa un sustrato adecuado para la colonización y establecimiento de este grupo de algas. Esta asociación fue estudiada considerando tanto la composición de especies como la de rasgos biológicos (biovolumen, forma de vida, y forma de adherencia) de la comunidad de diatomeas. En los caparazones de las 7 especies de tortugas muestreadas se encontraron un total de 45 táxones. La composición de táxones varió entre los caparazones de las especies. Se encontró una mayor diversidad en los caparazones de Podocnemis vogli y Podocnemis expansa, mientras que en Podocnemis lewyana, Rhinoclemmys diademata, y Rhinoclemmys melanosterna se encontró una comunidad de baja diversidad dominada principalmente por Navicula spp. Los resultados sugirieron que la rugosidad del caparazón junto al estado de la sucesión pueden explicar las diferencias observadas en la composición de táxones de los diferentes caparazones. Debido a que las tortugas pueden funcionar como vectores de dispersión, caracterizar las comunidades que pueden crecer sobre sus caparazones podría contribuir a entender la distribución de las diatomeas a escalas mayores. Además, esta caracterización podría darnos pistas clave para la delimitación de áreas de conservación efectivas para las especies más amenazadas.