El presente estudio analiza las publicaciones realizadas por autores de instituciones de Costa Rica e incluídas en el Science Citation Index (SCI), durante el trienio 1999- 2001. Se encontró 722 referencias, distribuídas en 328 revistas, de las cuales el 90.7% correspondían a artículos originales de investigación. La productividad total de publicaciones en el SCI durante 1999-2001 continúa con la tendencia ligeramente creciente observada para 1980-1998, tanto en cifras absolutas, como en su ajuste a la población. La contribución de la Revista de Biología Tropical a estas cifras correspondió al 10.0%, 8.9% y 19.1%, respectivamente, en los años 1999, 2000 y 2001. La distribución temática de los artículos no mostró cambios marcados en relación con el patrón descrito para 1980-1998, con un aporte mayoritario de las ciencias biomédicas (33.3%) y biológicas (27.5%), seguido por las ciencias agronómicas (15.5%), química (13.6%), física (5.0%), geología (3.6%) y matemáticas (1.5%). El análisis de las citaciones de publicaciones individuales (hasta el 15 de julio del 2002), mostró que solo el 45.2% de los artículos habían recibido al menos una citación. Se recopilaron los diez artículos más citados de este grupo de referencias, las cuales variaron entre 26 y 114 citas. El promedio de citaciones por ar - tículo en el período estudiado fue de 2.60 y el número promedio de autores por artículo fue de 2.92. Al igual que durante 1980-1998, la Universidad de Costa Rica se mantuvo como la institución de mayor aporte de publicaciones en el SCI durante 1999-2001, con un promedio del 50.0% de la producción del país. El porcentaje de publicaciones realizadas sin coautoría de instituciones foráneas mostró una nivelación de la tendencia decreciente descrita para 1980-1998, estabilizándose durante el trienio 1999-2001 alrededor de un 25-30%.This study analyzed the publications of authors from Costa Rican institutions that were included in the Science Citation Index (SCI) during 1999-2001. Out of the 722 references detected, distributed in 328 journals, 90.7% corresponded to original research articles. The total productivity figures showed a moderately increasing trend, both in absolute and population-adjusted terms, in concordance with previous data recorded for the period 1980-1998. The contribution of Revista de Biología Tropical to these figures corresponded to 10.0%, 8.9%, and 19.1%, for the years 1999, 2000, and 2001, respectively. The subject distribution of articles followed a similar pattern to that described for 1980-1998, with a predominance of biomedical (33.3%) and biological (27.5%) sciences, followed by agronomical (15.5%) sciences, chemistry (13.6%), physics (5.0%), geological sciences (3.6%), and mathematics (1.5%). Citation analyses for individual publications (up to July 15, 2002) revealed that only 45.2% of the articles had been cited at least once. The ten most cited references were analyzed, varying from 26 to 114 citations. The average citation per article was 2.60, and the average number of authors per article was 2.92. In agreement with data from 1980-1998, the University of Costa Rica appeared as the institution with highest productivity of SCI publications during 1999-2001, with a contribution of 50.0%. The percentage of publications performed without the participation of foreign co-authors showed a change in its decreasing trend of 1980-1998, stabilizing near the range of 25-30% during the period 1999-2001.