In this paper we developed a new algorithm for solving the problem of multiple sequence alignment (AMS), which is a hybrid metaheuristic based on harmony search and simulated annealing. The hybrid was validated with the methodology of Julie Thompson. This is a basic algorithm and and results obtained during this stage are encouraging.En el presente trabajo se desarrolló un nuevo algoritmo para resolver el problema de alineamiento múltiple de secuencias (AMS) que es un híbrido basado en las metaheurísticas de búsqueda de armonía (HS) y recocido simulado (RS). Este fue validado con la metodología de Julie Thompson. Es un algoritmo básico y los resultados obtenidos durante esta etapa son alentadores.