Guayule (Parthenium argentatum), es una especie cuya principal característica es producir hule de alto peso molecular e hipoalergénico. El presente estudio se enfocó en encontrar genes en plantas silvestres de guayule que estuvieran relacionados en la síntesis de hule que en un futuro pudieran ser candidatos para la mejora genética y obtener un incremento en el rendimiento de hule. La colecta de plantas silvestres se realizó, en las temporadas de verano (2016) e invierno (2017). Se identificaron 12 sitios de colecta en Durango y 11 en San Luis Potosí. De cada sitio se colectaron 3 muestras de tallos, provenientes de tres plantas diferentes para su análisis. La extracción de hule y resina se realizó por medio de un equipo completamente automatizado que se basa en la técnica de extracción acelerada con solventes (ASE). En las muestras colectadas en Durango se obtuvieron porcentajes de 14 y 16.6 % de resina; 21.86 y 15.3% de hule en verano e invierno, respectivamente. En las muestras colectadas en San Luis Potosí se obtuvo un porcentaje cercano al 14% de resina en ambas temporadas, pero en el caso de hule se obtuvieron porcentajes de 19.4 y 15.3% en verano e invierno, respectivamente. Los 2 sitios de colecta en cada estado que presentaron los resultados más contrastantes en cuanto a porcentaje de hule fueron analizados por secuenciación masiva de transcritos. La secuenciación se realizó por medio de la plataforma de Illumina obteniendo un total de 372,661,284 lecturas crudas de las cuales se identificaron 564,256 unigenes. Dichos unigenes fueron anotados utilizando herramientas de genómica comparativa, 241,176 obtuvieron homología con al menos una de las 7 bases de referencia utilizadas. Se categorizaron funcionalmente 32,844 unigenes asociados a funciones biológicas, funciones moleculares y componentes celulares. El análisis de expresión diferencial de genes de las 12 muestras secuenciadas arrojó un total de 4,684 genes regulados positivamente (up-regulated) y 9,335 genes regulados negativamente (downregulated) además de 417 genes que no mostraron diferencia en la expresión en ninguno de los contrastes establecidos. Entre los genes regulados negativamente, se encuentran dos enzimas relacionadas en la síntesis del IPP en la ruta del mevalonato: Acetil CoA tiolasa (AACT) e isopentenil pirofosfato isomerasa (IPI) en plantas con mayor contenido de hule en la época de invierno en el estado de Durango.