La contaminación en forraje verde hidropónico con especies fúngicas productoras de micotoxinas es uno de los riesgos para la alimentación animal. Esta investigación tiene como objetivo generar las tecnologías para controlar hongos patógenos, para la producción del forraje verde hidropónico. Describimos los procedimientos preventivos y correctivos posibles, controlando el lavado y desinfección, imbibición y germinación y aplicando productos químicos utilizados en la industria alimentaria como método correctivo cuando aparezcan los posibles agéntes contaminantes del forraje verde hidropónico. El diseño experimental fue de bloques completamente al azar. Se efectuaron diferentes dosis de hipoclorito de sodio para limpieza y desinfección donde se encontró que la dosis del 8% resulta ser efectiva. En cuanto a los niveles de imbibición y germinación se encontró que una hora es suficiente para obtener un margen de hasta seis días sin la aparición de contaminación en las charolas, además se obtuvo mas de un 85% de germinación, comparando este método con el que se utiliza actualmente. Con los productos químicos se demostró que aplicándolos al quinto día se logra obtener una protección hasta por 8 días. En la selección de los productos químicos se comparo su efectividad aplicando el quitosán (biopolímero) y el ozono donde se observaron resultados de mucho interés, ya que con el uso de estos productos fue posible controlar los hongos hasta por seis días. Pero al pasar a los ocho días después de la siembra estos tratamientos se ven superados por sorbato de potasio. Palabras claves: contaminación, hongos, forraje verde hidropónico, substancias químicas, ozono, quitosán.