Las ontologías relacionadas con la medicina basan sus conceptualizaciones en las ciencias biomédicas, o expresan, cuando se trata de la clínica, clasificaciones de enfermedades, sus agentes causantes, signos, síntomas, etc. Estos enfoques están muy relacionados con los sistemas de información y no explicitan las conceptualizaciones realizadas en ese proceso de pensamiento clínico, el cual, si ha sido objeto de diferentes teorías desarrolladas desde las ciencias cognitivas. En el presente trabajo nos proponemos desarrollar un modelo ontológico del proceso de pensamiento clínico basado en las ciencias cognitivas. Se trata de un trabajo exploratorio, donde en particular, generamos las categorías ontológicas basándonos en la semántica estructural. Con el objetivo de dotar a los conceptos usados, de un significado cuyo alcance pueda ser compartido desde otras ontologías, sin ambigüedades, el modelo se basa en ontologías fundacionales cuyo punto de vista abarca categorías desarrolladas desde las ciencias cognitivas.Sociedad Argentina de Informática e Investigación Operativa