The sheep populations of the Colombian Caribbean Region are characterized by having a high phenotypic heterogeneity mainly due to the use of Creole animals in crossbreeding with exotic breeds. The aim of this study was to estimate the genetic diversity and the population structure of sheep in this region. In total, 459 sheep from 26 farms in 19 municipalities were selected. The DNA samples were genotyped with the ovine low-density chip (15K). Analyses of molecular variance, genetic diversity and population structure were performed. At the phenotypic level, 65.8% of the sampled animals were assigned to the Criollo population, while 15.7% showed signs of introgression with other commercial breeds (mestizos). The populations presented a high degree of genetic diversity within individuals (90.6%) and low levels of genetic variation between populations (FST = 0.075). This low differentiation, together with the low levels of genetic variation between populations, could be attributed to a lack of selection pressure and the existence of gene flow (crossbreeding) between populations.Las poblaciones ovinas de la Región Caribe colombiana se caracterizan por tener una alta heterogeneidad fenotípica debido principalmente al uso de animales criollos en cruzamiento con razas exóticas. El presente estudio tuvo como objetivo estimar la diver-sidad genética y la estructura poblacional de ovinos de esta región. Se seleccionaron 459 animales ovinos de 26 granjas de 19 municipios. Las muestras de ADN fueron genotipadas con el chip ovino de baja densidad (15K). Se realizaron análisis de varianza molecular, diversidad genética y estructura poblacional. A nivel fenotípico, se asignó el 65.8% de los animales muestreados a la población Criollo mientras que 15.7% presentaron señales de introgresión con otras razas comerciales (mestizos). Las poblaciones presentaron un alto grado de diversidad genética dentro de los individuos (90.6%) y bajos niveles de variación genética entre poblaciones (FST = 0.075). Esta baja diferenciación, junto con los bajos niveles de variación genética entre poblaciones podría atribuirse a una falta de presión de selección y a la existencia de un flujo genético (mestizaje) entre las poblaciones.