The objective of the study was to evaluate the phenotypic variability of the percentage of medullated fibres of Huacaya alpacas, as well as to calculate the phenotypic correlation between the average diameter of fiber (ADF) and the percentage of total medullation (PM). Fibre samples were collected from 36 Huacaya alpacas (0.4-10.4 years old males) to analyse the ADF and the PM with the projection microscope. The type of medulla of the fibres was considered as not medullated, fragmented, discontinuous, continuous and strongly medullated. A high phenotypic variability of PM between alpacas and within the samples was observed. The mean ± standard deviation of PM and ADF was 32.56 ± 18.30% and 17.58 ± 2.52 μm for non-medullated fibres; 29.29 ± 11.67% and 21.49 ± 2.39 μm for fragmented medullated fibres; 14.01 ± 10.14% and 24.04 ± 2.40 μm for discontinuous medullated fibres; 23.90 ± 13.01% and 28.04 ± 3.10 μm for continuous medullated fibres; and 0.59 ± 0.44% and 50.85 ± 9.86 μm for strongly medullated fibres, respectively. The phenotypic correlation between the PM and the ADF was 0.80, and between the PM and the percentage of continuous medullation was 0.74. In conclusion, there is a high phenotypic variability of the PM and the percentage of continuous, discontinuous and fragmented medullated fibres in the Huacaya alpaca fleece. The fine fibres have a low frequency of fragmented and discontinuous medullated fibres, while the thicker fibres have a higher frequency of discontinuous and continuous medullated fibres.El objetivo del estudio fue evaluar la variabilidad fenotípica del porcentaje de fibras meduladas de alpacas Huacaya, así como calcular la correlación fenotípica entre el diámetro medio de fibra (DMF) y el porcentaje de medulación total (PM). Se tomaron muestras de fibra de 36 alpacas Huacaya (machos entre 0.4 y 10.4 años) para determinar el DMF y el PM con el microscopio de proyección. El tipo de médula de las fibras fue considerada como no medulada, fragmentada, discontinua, continua y fuertemente medulada. Se observó una alta variabilidad fenotípica del PM entre alpacas y dentro de las muestras. El promedio ± desviación estándar del PM y DMF fue 32.56 ± 18.30% y 17.58 ± 2.52 µm para fibras no meduladas; 29.29 ± 11.67% y 21.49 ± 2.39 µm para fibras con medulación fragmentada; 14.01 ± 10.14% y 24.04 ± 2.40 µm para fibras con medulación discontinua; 23.90 ± 13.01% y 28.04 ± 3.10 µm para fibras con medulación continua; y 0.59 ± 0.44% y 50.85 ± 9.86 µm para fibras fuertemente meduladas, respectivamente. La correlación fenotípica entre el PM y el DMF fue 0.80, y entre el PM y el porcentaje de medulación continua fue 0.74. En conclusión, existe una alta variabilidad fenotípica del PM y de los porcentajes de fibras meduladas continuas, discontinuas y fragmentadas en el vellón de alpaca Huacaya. Las fibras finas tienen una baja frecuencia de médulas fragmentadas y discontinuas, mientras que las fibras más gruesas tienen una mayor frecuencia de médulas discontinuas y continuas.