The aim of this study was to estimate the genetic variability of domestic Creole horses (Equus caballus) through genes associated with the coat. Samples were taken through rural excursions between November 2016 and November 2017 in seven populations in Sahagun, Cordoba. Adult horses present in the farms of each population were sampled, where each animal was phenotypically characterized according to the autosomal markers of morphological coding: Extension, Agouti, Cream, Gray, White, Tobiano, Overo, and Roan. Genetic parameters: allele frequencies, genetic diversity and genetic distance were calculated through the program PopGene 1.31; population structure was determined by the program FSTAT v.2.9.3.2. and the dendrogram was done using the program Mega 7. The results indicated no presence for the White and Overo markers while Extension marker was the most representative in frequency possibly helped by artificial selection. Tobiano marker was the least frequent, which might be related to selection against individuals carrying this marker. Populations were found in Hardy-Weinberg equilibrium, as they showed an excess of heterozygotes and high values of genetic flow between them.El objetivo de este estudio fue estimar la variabilidad genética de caballos criollos (Equus caballus) mediante genes asociados al pelaje. Se realizaron muestreos mediante excursiones rurales entre noviembre de 2016 y noviembre de 2017 en siete poblaciones en Sahagún, Córdoba. Se muestrearon animales adultos presentes en las fincas de cada población, donde se caracterizó fenotípicamente cada animal atendiendo a los marcadores autosómicos de codificación morfológica: Extension, Agouti, Cream, Gray, White, Tobiano, Overo, y Roan. Los parámetros genéticos como frecuencia alélica, diversidad genética y distancia genética fueron calculados a través del programa PopGene 1.31; la estructura poblacional se determinó mediante el programa FSTAT v. 2.9.3.2 y el dendrograma se realizó utilizando el programa MEGA 7. Los resultados indicaron no presencia para los marcadores White y Overo, mientras que el marcador Extension fue el de mayor frecuencia posiblemente favorecido por selección artificial, debido a temperamento y astucia. El marcador Tobiano fue el menos frecuente, hecho que estaría relacionado con la selección en contra de individuos que porten este marcador. Las poblaciones se encontraron en equilibrio Hardy-Weinberg, al igual que mostraron un exceso de heterocigotos y altos valores de flujo genético entre ellas.