The objective of this study was to investigate the genetic variability of criollo horses (Equus caballus) by genes associated with the coat. Fields visits were done between January and May 2016 in five populations of the municipality of Valencia, Colombia. The phenotypic characterization of the adult animals present in the farms was performed in relation to the autosomal markers of morphological codification Extension, Agouti, Cream, Gris, White, Tobiano, Overo and Roan. The results showed absence of the markers White and Overo, whereas the markers Extension and Agouti had the largest frequencies, possibly favored by artificial selection due to temperament and cunning respectively. Populations were found in equilibrium Hardy-Weinberg and showed excess of homozygotes and high levels of gene flow.El objetivo de este trabajo fue estudiar la variabilidad genética de caballos criollos (Equus caballus) mediante genes asociados al pelaje. Se realizaron muestreos entre enero y mayo de 2016 en cinco poblaciones de la ciudad de Valencia. Se realizó la caracterización fenotípica de los animales adultos presentes en las fincas, atendiendo a los marcadores autosómicos de codificación morfológica Extension, Agouti, Cream, Gris, White, Tobiano, Overo y Roan. Los resultados mostraron ausencia de los marcadores White y Overo, mientras que los marcadores Extension y Agouti fueron los de mayores frecuencias, posiblemente favorecidas por selección artificial, debido a temperamento y astucia respectivamente. Las poblaciones se encontraron en equilibrio de Hardy-Weinberg, exhibieron exceso de homocigotos y altos valores de flujo genético.