The aim of this study was to evaluate the effect of four separation methods on seminal quality and in vitro fertilizing capacity of equine cryopreserved spermatozoa. Straws of equine cryopreserved semen were used for sperm separation through the Androcoll, CushionFluid, EquiPure and Percoll methods. A Sperm Class Analyzer (SCA®) system was used to determine total motility, progressive motility, curvilinear velocity, linear velocity and average speed. Also, intact acrosome and sperm vitality were evaluated by fluorescence microscopy. In vitro fertilizing capacity was assessed by in vitro fertilization of bovine oocytes with spermatozoa obtained by each separation method.Cleavage rates were determined after three days of in vitro culture. The results were analyzed using generalized linear models (GLM) and means of the four methods were compared using the Tukey test. The CushionFluid was superior for most parameters of sperm motility as well as for intact acrosome (p<0.05). Higher means of sperm vitality were obtained with EquiPure and Percoll (p<0.05), but no difference were found on cleavage rates between treatments. It was concluded that cryopreserved stallion semen selected by the CushionFluid method had better sperm quality compared to the other three methods; however no difference was evident between them for in vitro fertilizing capacity of spermatozoa.El objetivo del presente estudio fue evaluar el efecto de cuatro métodos de separación seminal sobre la calidad y la capacidad fertilizante in vitro de espermatozoides equinos criopreservados. Se utilizaron pajillas de semen equino criopreservado para la separación espermática a través de los métodos Androcoll, CushionFluid, EquiPure y Percoll. Mediante un sistema analizador de clase (SCA®) se evaluó la motilidad total, motilidad progresiva, velocidad curvilínea, velocidad lineal y velocidad media, y por microscopía de fluorescencia se determinaron los acrosomas intactos y la vitalidad espermática. La evaluación de la capacidad fertilizante in vitro se realizó mediante la fertilización in vitro de oocitos bovinos con espermatozoides obtenidos en cada método de separación. El clivaje se determinó después de tres días de cultivo in vitro. Los resultados se analizaron mediante modelos lineales generalizados (GLM) y las medias para los diferentes métodos se compararon usando la prueba de Tukey. El CushionFluid fue superior para la mayoría de parámetros de movilidad espermática, así como para acrosomas intactos (p<0.05). Se encontraron medias superiores de vitalidad espermática para EquiPure y Percoll (p<0.05), pero no se encontró diferencia entre las medias de clivaje entre tratamientos. Se concluye que el semen equino criopreservado y seleccionado por el método CushionFluid presenta mejores parámetros de calidad espermática respecto a los otros tres métodos; sin embargo, no se evidencia diferencia entre ellos para la capacidad fertilizante in vitro de los espermatozoides.