Water ecosystems are one of the most threaten environments due to anthropogenic pressures, among them the contamination of metals that are toxic to every life form. The main objective of this paper was to investigate the role of each compartment of a river system in metal dynamics using metal sediment concentration. To accomplish the objective sediments from several sites in a tropical river drainage basin were sampled comprising different types of compartments: : the river channel, the dry and wet inundation area and marginal lagoons, as well a pristine site with no anthropogenic impact. A Principal Component Analysis and the calculation of the Enrichment Factor and Index of Geoacummulation were conducted. The results showed that was no great difference of Index of Geoaccumulation among the different compartments. However, the Enrichment Factor was higher in wet inundation areas followed by dry soils from inundation areas and dry lagoons. Principal Component Analysis selected the metals Fe, Cu and Mg in axis 1, while axis 2 selected Mg and Ba. Although there was not a clear separation in the results of the multivariate analysis among sites across a transect, the analysis separated the compartments in relation to the concentration of metals. The results showed that each compartment had its own dynamics in relation to accumulation of metals present in the river basin. The study shows the importance of studying different types of habitats of a drainage basin to stablish best management practices.Ecossistemas aquáticos são um dos mais ameaçados hoje em dia devido a pressões antrópicas, sendo entre elas uma das mais importantes a contaminação por metais que são tóxicos a todas formas de vida. O principal objetivo desse trabalho foi o de investigar o papel de cada compartimento de um sistema fluvial na dinâmica de metais usando a concentração destes no sedimento. Para isso sedimentos de diferentes pontos em uma bacia de drenagem tropical foram amostrados abrangendo diferentes tipos de compartimentos: o canal do rio, áreas de inundações húmidas e secas, lagoas marginais, e um ponto sem pressão antrópica. Uma Análise de Componente Principal (PCA) e o cálculo do Fator de Enriquecimento (FE) e o Índice de Geoacumulação (Igeo) foram realizados. Os resultados demonstraram que não houve grandes diferenças de Igeo entre os pontos amostrados. Entretanto, o EF foi maior nas áreas de inundações húmidas seguida pelas secas e lagoas secas. O PCA selecionou os metais Fe, Cu, e Mg no eixo 1, enquanto que o eixo 2 selecionou Mg e Ba. Apesar de não ter ocorrido uma grande separação dos pontos dos amostrados através de um transecto, a análise separou os compartimentos em relação à concentração de metais. Os resultados demonstraram que cada compartimento tem sua própria dinâmica em relação ao acúmulo de metais presentes na bacia de drenagem. O estudo mostrou a importância de se estudar diferentes tipos de habitats de uma bacia de drenagem para o estabelecimento de práticas de manejo.