This paper shows the results of salinity mapping of the Taubaté Basin groundwater, taking in consideration its structural compartments. The Taubaté Basin Groundwater is characterized by a strong hydrochemical variability, where the salinity ranges from 19mg/L to 1.200mg/L. This variation is a direct consequence of structural compartments and lithologic distribution of the Taubaté Group. The aim of the present work is to define salinity distribution, considering the subbasins within the Taubaté Basin. The salinity map was produced by geostatistical analysis, grouping the results of each structural compartment. This procedure produced lower estimation errors when compared with the whole basin estimative.A Bacia de Taubaté apresenta grande heterogeneidade hidroquímica de seus aquíferos, com salinidade que varia de 19mg/L a 1.200mg/L, consequência da compartimentação estrutural e da distribuição litológica do Grupo Taubaté. Este trabalho buscou a definição da distribuição da salinidade, considerando as sub-bacias que compõem a Bacia de Taubaté. O mapa de salinidade foi produzido com base na análise geoestatística de cada compartimento estrutural. Este procedimento produziu melhor estimativa da salinidade, se comparado com a análise de todos os dados em conjunto, demonstrando a importância do conhecimento geológico-estrutural em estudos hidrogeológicos.