Marine fungi are a group of microorganisms capable of biosynthesized metabolites with novel structures. Generally microbial population produces compounds that work against the growth of other populations. Antibiotics produced naturally by these populations, could provide benefits in the control of diseases, both in aquaculture and in human and animal pathology, in this context tropical fungi are entering in screening programs as potential producers of drugs with new models of action. In the present investigation two protocols were established to evaluate the bioactivity ofmarine fungi against Gram positive and Gram negative bacteria: fungal extracts and fungal discs. There was no bioactivity in bioassays offungal extracts ofmarine ascomycete versus Gram negative bacteria Rhodospirillum sp. and Pseudomonas sp. Methods of preservation to fungal extracts at 4 and -20ºC were suitable for conservation, there was no loss of volume or change in color of the extracts or any other signs of deterioration, there was no fungal or bacterial contamination. None of fungal discs bioassays of marine ascomycetes versus Gram negative bacteria Enterobacter sp, Escherichia coli, E. coli001, Klebsiella sp., Klebsiella sp.001, and the Gram positive bacterium Staphylococcus sp. were observed inhibition of bacterial growth.Los hongos marinos constituyen un grupo de microorganismos capaces de biosintetizar metabolitos con estructuras novedosas. Las poblaciones microbianas, en general, producen compuestos que desfavorecen el crecimiento de otras poblaciones. Los antibióticos, producidos de forma natural por estas poblaciones, podrían suministrar beneficios en el control de enfermedades, tanto en acuicultura como en patología humana y animal; en este contexto los hongos tropicales se están incorporando a los programas de preselección como potenciales productores de fármacos con nuevos modos de acción. En la presente investigación se establecieron dos protocolos para la evaluación de la bioactividad de hongos marinos contra bacterias Gram positivas y Gram negativas: extractos fúngicos y discos fúngicos. No se observó bioactividad en los bioensayos de extractos fúngicos de ascomicetos marinos versus las bacterias Gram negativas Rhodospirillum sp. y Pseudomonas sp. Los métodos de conservación de los extractos fúngicos a 4 y -20ºC resultaron adecuados para la conservación, no se observó pérdida de volumen ni cambio en la coloración de los extractos ni ningún otro signo de deterioro, no hubo contaminación bacteriana ni fúngica. En ninguno de los bioensayos de bioactividad de discos fúngicos de ascomicetos marinos versus las bacterias Gram negativas Enterobacter sp., Escherichia coli, E. coli001 , Klebsiella sp., Klebsiella001, y la bacteria Gram positiva: Staphylococcus sp., se observó inhibición del crecimiento bacteriano.