The industrial, farming and housing occupation of the upper to middle San Francisco basin is getting stronger, resulting in an increase of the environmental impact. Marginal lagoons, which are important support for wildlife and water supply are invaded during the flooding of the river and filled with material. The aim of this study was to characterize the particle size distribution, chemical and mineral development shown in the profiles of these marginal lagoons and correlate with the environmental evolution and impacts. Granulometric and geophysical studies were carried out using combined sieves, GPR (Ground Penetrating Radar), total chemical analysis by X-Ray Fluorescence and sequential leaching analyses by Inductively Coupled Plasma-Optical Emission Spectroscopy. The granulometric and mineralogical results showed a predominance of silt, alternating with sandy layers, indicating the annual and seasonal energy evolution and depositional source. Investigations with GPR show horizontal sets formed by the change of energy deposition. Selected elements (Ni, Zn, Co, As, Pb, Cu) showed a continue enrichment with higher concentration on the surface. All elements concentrations are related to the clay/silt fraction, thus allowing the use of this fraction for the investigation of the impact assessment. Chromium is related to sandy layers indicating its correlation with the mineral content. The positive correlation between Ni, Zn and Pb indicate industrial influence (refinement of Zn, heavy industry) the correlation Cu, Ni, Co and As may derive from the use of agro products. The elements Pb, Zn and Cu presented at the top of the profiles concentrations above legislation limits.A ocupação industrial, agropecuária e habitacional da bacia do Alto e Médio São Francisco está se fortalecendo, resultando em um aumento do impacto ambiental. As lagoas marginais, que são um importante apoio para a vida selvagem e para o abastecimento de água, sofrem com aporte de material alóctone durante as cheias e alagamento do rio. O objetivo deste estudo foi caracterizar a distribuição granulométrica, o desenvolvimento químico e mineral mostrado nos perfis dessas lagoas marginais e correlacionar com a evolução e os impactos ambientais. Estudos granulométricos e geofísicos foram realizados utilizando peneiras combinadas, GPR (Ground Penetrating Radar), análise química total por Fluorescência de Raio-X e análises de lixiviação sequencial por Espectrometria de Emissão Ótica. Os resultados granulométricos e mineralógicos mostraram uma predominância de silte, alternando com camadas arenosas, indicando a evolução energética anual e sazonal e fonte deposicional. Investigações com GPR mostram conjuntos horizontais formados pela mudança de deposição de energia. Elementos selecionados (Ni, Zn, Co, As, Pb, Cu) mostraram um enriquecimento contínuo com maior concentração na superfície. Todas as concentrações dos elementos estão relacionadas à fração argila/silte, permitindo assim o uso dessa fração para a investigação da avaliação de impacto. O crômio está relacionado a camadas arenosas, indicando sua correlação com o conteúdo mineral. A correlação positiva entre Ni, Zn e Pb indica influência industrial (refinamento de Zn, indústria pesada) a correlação Cu, Ni, Co e As pode derivar do uso de produtos agrícolas. Os elementos Pb, Zn e Cu apresentados no topo das concentrações dos perfis acima dos limites da legislação.