The relationship between foraminifera distribution and bacterial respiratory activity (BRA) in sediment is applied for environmental diagnose in the Itacorubi estuary, Santa Catarina State. Seven sediment samples were analyzed for foraminifera content, BRA (fermentation, desnitrification and sulphate reduction), sediment grain-size, organic matter and bacterial carbon. Bottom water samples were taken for inorganic nutrients analysis. BRA showed similar values in all stations. Sulphate reduction was more important in the inner mangrove area. Twenty-eight species of foraminifera were identified, with dominance of A. beccarii f. tepida and A. mexicana. Correlation analyses using Spearman coefficient indicated that A. mexicana was related positively with organic enrichment, hypoxic and the presence of sulphate reduction bacteria. The opposite occurred with calcareous species mainly A. becarii f. tepida. Correlation matrix followed by MDS analysis identified three group of sampling points (stations), in Itacorubi estuary, probably related to level of confinement and environmental stress: A – marine conditions; B – transitional conditions with abundance but no dominancy of species in the outer estuary; C – typical estuarine conditions, in the inner estuary. These results suggest that Itacorubí estuary shows estuarine conditions, despite station IT 05 being next to the eutrophicated landfill area, which indicates a recovering gradient downstream.A relação entre a distribuição de foraminíferos e atividade respiratória bacteriana (ARB) em sedimentos é utilizada para um diagnóstico ambiental do estuário do Itacorubí em Santa Catarina. Sete amostras de sedimento foram coletas ao longo do estuário para análise de foraminíferos, ARB (fermentação, desnitrificação e sulfato redução), granulometria do sedimento, matéria orgânica total e carbono bacteriano. Amostras de água de fundo também foram coletadas para análises de nutrientes. A ARB foi similar em todas as estações, e a sulfato-redução foi maior na área do mangue. Foram identificadas vinte e oito espécies de foraminíferos, com a dominância de Ammonia beccarii f. tepida e Arenoparrella mexicana. Uma análise de correlação usando o coeficiente de Spearman indicou que A. mexicana esteve relacionada positivamente com o enriquecimento orgânico, hipoxia e a presença de bactérias sulfato-redutoras. O oposto ocorreu com as espécies calcárias, principalmente, A. becarii f. tepida. Uma matriz de correlação seguida por uma análise em MDS diferenciou três grupos de pontos amostrais provavelmente relacionados ao grau de confinamento e de estresse ambiental: A – condições marinhas; B – ambiente transicional com abundância de espécies, porém sem dominância; C – condições estuarinas. Estes resultados sugerem que o Itacorubí possui um gradiente estuarino normal para regiões de micromaré, apresentando um maior estresse ambiental somente na região adjacente ao antigo aterro sanitário.