Esta investigação, de cunho qualitativo, buscou evidenciar a percepção de pesquisadores brasileiros a respeito de como ocorre, ou por quais motivos não ocorre, o ensino da Natureza da Ciência (NdC) nas salas de aula do Ensino Fundamental (EF) e Ensino Médio (EM). O objeto de estudo foram treze entrevistas audiogravadas com pesquisadores líderes de grupos de pesquisa cadastrados no Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento (CNPq), da área de Ensino de Ciências e com linhas de pesquisa em História e Filosofia da Ciência (HFC) ou NdC. As entrevistas foram transcritas e analisadas considerando os procedimentos da Análise Textual Discursiva. Os resultados mostraram que a NdC, segundo as percepções expostas nos depoimentos, não é ensinada, salvo em alguns casos raros e pontuais, quase sempre relacionados à participação de estudantes ou pesquisadores da universidade. Para os casos em que ocorre o ensino da NdC, ela é abordada: segundo a via de discussão das inter-relações Ciência-Tecnologia-Sociedade; pelo uso da HFC; por meio de atividades práticas; pelo método do ensino por investigação; em atividades de modelagem; em atividades de divulgação científica. Para os casos em que a NdC não faz parte do ensino praticado nas salas de aula, foram identificadas sete dificuldades, muitas delas articuladas entre si, ou por ocorrerem simultaneamente, ou por exercerem influência umas sobre as outras. Relacionamos as sete na sequência: por opção do próprio professor do EF e EM; pelas condições de trabalho desse professor; em função do sistema educacional e do currículo do EF e EM; pela falta de apoio para o ensino da NdC; pela inexistência de materiais didáticos; pela falta de articulação entre universidade e escola; por não ter sido abordado durante a formação docente.