The Trichoderma genus are widely used as biological control agents against various plant pathogens, however, many molecules involved in biocontrol are still unknown. There are numerous works in which the molecules secreted by the fungus are evaluated, among which are proteins. To evaluate these molecules, they must be extracted from the system in which the fungus grows, and the extraction methodology, which is highly dependent on various factors, requires adjustment of experimental conditions. Therefore, the aim was the evaluation of two methodologies for the analysis of the profile of secreted proteins by isolates of Trichoderma spp to the culture medium, starting using filtrate without lyophilization and filtrate lyophilizate. Protein profiles obtained from lyophilized material , applying protein precipitation with trichloacetic acid in acetone followed by cleaning with methanol and chloroform, generated an adequate profile for the analysis of proteins secreted into the culture medium.Los hongos del género Trichoderma son ampliamente utilizados como agentes de control biológico para controlar diversos fitopatógenos, sin embargo, muchas moléculas implicadas en el biocontrol aún se desconocen. Existen numerosos trabajos en los cuales se evalúan las moléculas secretadas por el hongo, entre las que se encuentran las proteínas. Para evaluar estas moléculas se deben extraer del sistema experimental en el cual crece el hongo, y la metodología de extracción, la cual es altamente dependiente de diversos factores, requiere el ajuste de las condiciones experimentales. Así, se planteó la evaluación de dos metodologías para el análisis del perfil de proteínas secretadas por aislados de Trichoderma spp. al medio de cultivo, partiendo de filtrado sin liofilizar y liofilizado. Los perfiles proteicos obtenidos a partir de material liofilizado, aplicando la precipitación de proteínas con ácido tricloacético en acetona seguida de una limpieza con metanol y cloroformo, generó un perfil adecuado para el análisis de las proteínas secretadas al medio de cultivo.