La neumonía por Pneumocystis jirovecii (PCP) es una infección común en individuos con Síndrome de Inmunodeficiencia Adquirida (SIDA) e inmunocomprometidos por cáncer, transplantes, desnutrición y colagenopatías, entre otras causas. Se estima que su frecuencia aumenta a medida que mejora la sobrevida de las personas susceptibles y se desarrollan terapias inmunosupresoras más potentes. En Colombia la información es limitada, pero los pocos estudios existentes sugieren que hasta el 20% de nuestros pacientes en riesgo sufre PCP. Ésta se diagnostica al visualizar el microorganismo en muestras de lavado broncoalveolar (LBA), pero se requieren otros métodos pues el procedimiento es invasivo y dispendioso, especialmente en niños, y genera aerosoles capaces de transmitir otras enfermedades como tuberculosis. Debido a que P. jirovecii no se ha podido cultivar y es específico de la especie humana, se desconocen muchos aspectos de su biología y epidemiología, lo que ha obligado a desarrollar métodos moleculares para genotipificar el germen.Se estudiarán las muestras de LBA de aproximadamente 300 individuos inmunocomprometidos conservadas a -70ºC en nuestro laboratorio (dentro de las cuales hay cerca de 40 positivas para P. jirovecii), y el LBA y LO de 150 pacientes, también inmunocomprometidos, captados prospectivamente en 2 años. Se incluirán, además, el LBA y LO de 50 personas inmunocompetentes, sometidos a LBA por causas no infecciosas, para un total de 700 muestras. A todas se les harán las coloraciones tradicionales, inmunofluorescencia con anticuerpos monoclonales y PCR en tiempo real. Las positivas se estudiarán por PCR convencional para amplificar 4 genes (ITS1 y 2, mtLSU rRNA, mtSSU rRNA y DHPS) cuyo análisis por SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism), DHPLC (Denaturing High Performance Liquid Cromatography) y secuenciación permitirá detectar polimorfismos. La PCR cuantitativa y los distintos genotipos se relacionarán con la presencia de PCP, las características clínico-demográficas de los pacientes afectados, y su evolución con la terapia.