This research presents a comparative analysis in managing process of three incubators located in Tlaxcala and Aguascalientes. Through a study quantitative, non-experimental, transversal and comparative, with an instrument of 45 questions which key informants were the directors of the centers of incubation. The results show that differences exits and so does the number of companies incubated is much higher in Tlaxcala that in Aguascalientes. It was concluded that the comparison reveals that both have the number of incubated projects.La presente investigación presenta un análisis comparativo en la gestión del proceso de tres incubadoras alojadas en Tlaxcala y Aguascalientes. Es de corte cuantitativo, no experimental, transversal y comparativo, con un instrumento de 45 reactivos cuyos informantes clave fueron los directores de dichos centros de incubación. Los resultados evidencian que las diferencias existen y así mismo el número de empresas que se incuban al año es mucho mayor en Tlaxcala que en Aguascalientes. Se concluyó que el comparativo revela que la cantidad de proyectos incubados difiere, refleja la eficiencia y el impacto de los modelos de incubación utilizados por cada incubadora.