Small and Medium Enterprises (SMEs) are key enablers of a country's economy. In recent investigations, innovation has shown major levels of competitiveness for this type of organizations and intellectual capital has been recognized as a significant factor for its performance improvement. Intellectual capital is classified into human, structural and relational. In particular, this research has the aim to explain if there is a relationship between intellectual capital and SMEs' innovation. In this research methodology, the sample used was a total of 149 companies operating in Aguascalientes, México, with a size between 5 and 150 workers. The results indicate a positive relationship between the human, structural and relational capital and SMEs' innovation. In this way, it has been identified the need to promote a strategy that enhance a systematic development of SMEs intellectual capital, mainly because of its impact and benefits provided for higher performance these organizations.Las pequeñas y medianas empresas (Pymes) son el motor principal de la economía de un país. La innovación ofrece a las organizaciones mayores niveles de competitividad. A su vez, el capital intelectual se ha reconocido en recientes investigaciones como un factor significativo para el desempeño de las organizaciones. El capital intelectual se puede clasificar en capital humano, capital estructural y capital relacional. En particular, esta investigación tiene el objetivo de explicar si existe una relación positiva del capital intelectual con la innovación en pequeñas y medianas empresas (Pymes). Para esta investigación se ha utilizado una muestra de 149 encuestas a Pymes del estado de Aguascalientes, México, las cuales tienen de 5 a 150 trabajadores. Los resultados indican una relación positiva del capital humano, capital estructural y capital relacional con la innovación de las organizaciones. De esta manera, se reconoce la necesidad de promover en las empresas una estrategia de soporte para impulsar un desarrollo sistemático del capital intelectual, principalmente por el demostrado impacto y beneficios al alto desempeño de las organizaciones.