El género Entamoeba comprende varias especies, de las cuales, seis pueden habitar en el intestino grueso del hombre: Entamoeba histolytica, Entamoeba dispar, Entamoeba moshkovskii, Entamoeba polecki, Entamoeba coli y Entamoeba hartmanni. Las tres primeras son morfológicamente idénticas, pero solo E. histolytica es considerada patógena, produciendo la amibasis; mientras que E. dispar y E. moshkovskii son consideradas no patógenas. La diferenciación entre estas amibas no puede efectuarse mediante examen microscópico, que es la técnica más utilizada para el diagnóstico de la amibiasis; se recomiendan para ello, métodos de biología molecular (PCR) o detección de coproantigenos de E. histolytica mediante ELISA. Más recientemente, el aumento en el descubrimiento de casos en humanos de parasitismo por E. moshkovskii, provoca una complicación mayor, pues entonces debe discriminarse entre las tres amibas para realizar un diagnóstico de laboratorio definitivo. Por otro lado, persisten los problemas técnicos en cuanto a un método rápido, sencillo y poco costoso que permita a los laboratorios de rutina distinguir entre E. histolytica, E. dispar y E. moshkovskii. Por los momentos, se recomienda reportar los trofozoítos y/o quistes morfológicamente compatibles con E. histolytica, como complejo Entamoeba o como E. histolytica/ dispar/moshkovskii.