Sheep genetic resources are high in Pakistan with a number of different breeds spread throughout the country. However, the molecular diversity of sheep breeds is poorly understood in Pakistan. Therefore, in the present study 16 microsatellite markers were used in microsatellite on Buchi and Hashtnagri indigenous breeds of Punjab and Balochistan provinces, respectively. Blood samples from 25 unrelated individuals were collected for genetic diversity and relationship investigation. The mean number of alleles on Buchi and Hashtnagri were 3.375±1.455 and 3.50±1.591, respectively. The mean observed heterozygosity for Buchi was 0.878±0.204 while for Hashtnagri it was 0.885±0.218. The mean Shannon Index showed 1.032±0.371 and 1.070±0.412 for Buchi and Hashtnagri respectively. Inbreeding estimates (FIS and FIT) showed negative values while mean gene flow showed 10.09 and mean population difference (FST) showed 2.4%. According to these results, Buchi and Hashtnagri indigenous breeds showed considerable amount of genetic diversity. There is a decent scope for conservation, effective improvement, and designing suitable breeding strategies for sheep breeds in near future.En Pakistán los recursos genéticos ovinos son abundantes, disponiéndose de varias diferentes castas extendidas en todo el país. No obstante, la diversidad molecular de las razas de ovejas es poco conocida en la región. Por ello, en el presente estudio se investigaron 16 marcadores microsatelitales de las razas indígenas Buchi y Hashtnagri, en las provincias de Pendjab y Balochistan respectivamente. Para indagar la diversidad genética se obtuvieron muestras de sangre de 25 animales de cada raza. El promedio del número de alelos en Buchi y Hashtnagri fue de 3,375±1,455 y 3,50±1,591 respectivamente. Los promedios de heterocigosis registradas fueron de 0,878±0,204 para la raza Buchi y 0,885±0,218 para Hashtnagri. Los índices de Shannon fueron 1,032±0,371 para Buchi y 1,070±0,412 para Hashtnagri, respectivamente. La estimación de los coeficientes de endogamia (FIS y FIT) mostró valores negativos, en tanto que el flujo genético (migración) fue de 10,09 y el promedio de la diferencia poblacional (FST) resultó de 2,4%. En ambas razas, el índice de información polimórfica fue 0,56, indicando el valor del marcador del tablero. Entre las ovejas Buchi y Hashtnagri, la distancia genética estándar de Nei (Ds) fue 0,0218. Según estos resultados, ambas razas mostraron considerable diversidad genética. Los datos obtenidos permiten vislumbrar una promisoria mejoría en el área de la conservación y en el diseño de las estrategias para la cría de ovejas en el futuro cercano.