Governance in clusters refers to the mode of coordination, control, intervention and participation of actors from the local arrangement. Due to the significant increase in the interest of public policy in local clusters is desirable to understand the mode of coordination, command and stakeholder participation in these arrangements. This paper compares the governance structures in three local productive arrangements (APLs): Birigui (children’s shoes), Jau (women’s shoes) and Piracicaba (APL alcohol). The data collection in institutions and 31 companies of the arrangements, was conducted by in-depth interviews company on site. In the article we identify different influences on the coordination of arrangements, as the government, unions and big business sectors. The survey results reveal: 1) governance had positive interference on cooperation and business development, 2) the potential development of clusters depends largely on the forms of governance, public or private; 3) the governing of local clusters are heterogeneous and complex, and 4) powerful actors holders of coordination arrangements, determine the relationships, resources and rules, proposing new institutional orders. In this sense this paper contributes to the understanding the set of relationships and influential institutions related with the clusters governance.La gobernanza en los arreglos productivos se refiere al modo de coordinación, comando, intervención y participación de los actores del arreglo. Debido al significativo aumento del interés de la política pública en arreglos productivos locales en Brasil es oportuno comprender esa variación y/o interdependenciade gobernanza de cada arreglo territorial. El presente artículo compara las estructuras de gobernanza en tres arreglos productivos locales (APLs): a) Birigui (calzados infantiles), b) Jaú(calzados femeninos) y c) Piracicaba (APL del alcohol). La recolección de datos en organizaciones de intereses y en 31 empresas de los tres arreglos paulistas fue realizada por entrevistas en profundidad in loco en las empresas. En el artículo se identifican las diferentes influencias en las gobernanzas delos arreglos productivos. Los resultados de la encuesta revelan: 1) la gobernanza tuvo interferencia positiva en la cooperación y el desarrollo de las empresas; 2) las posibilidades de desarrollo de los APLs dependen en gran parte de las formas de gobernanza pública o privada; 3) las gobernanzas deesos arreglos productivos locales son heterogéneas, complejas y, en algunos casos, interdependientes con otras distintas; y 4) los actores coordinadores de los arreglos determinan las relaciones, recursos y reglas, proponiendo nuevos órdenes institucionales y organizacionales.A governança nos arranjos produtivos refere-se ao modo de coordenação, comando, intervenção e participação dos atores do arranjo. Devido ao significativo aumento do interesse da política pública em arranjos produtivos locais no Brasil, é oportuno compreender essa variação e/ou interdependência de governança de cada arranjo territorial. O presente artigo compara estruturas de governança em três arranjos produtivos locais (APLs): a) Birigui (calçados infantis), b) Jaú (calçados femininos) e c) Piracicaba (APL do álcool). A coleta de dados em organizações de interesses e em 31 empresas dos três arranjos paulistas foi realizada por entrevistas em profundidade in loco nas empresas. No artigo são identificadas as influências distintas nas governanças dos arranjos produtivos. Os resultados da pesquisa revelam: 1) a governança teve interferência positiva na cooperação e no desenvolvimento de empresas; 2) as possibilidades de desenvolvimento dos APLs dependem em grande parte das formas de governança pública ou privada; 3) as governanças desses arranjos produtivos locais são heterogêneas, complexas e, em alguns casos, interdependentes com outras distintas; e 4) os atores coordenadores dos arranjos determinam as relações, recursos e regras, propondo novas ordens institucionais e organizacionais.