El estudio presenta la detección de bacterias y parásitos en sangre de bovinos, en zonas de ganadería merideña utilizando el procedimiento de biodiversidad genética denominado Sistema de análisis por Electroforesis en Geles con Gradiente Desnaturalizante de amplificados por la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR/DGGE). Para tal fin se evaluó el metagenoma sanguíneo de 162 animales (115 Bos taurus y 47 Bubalus bubalis) de condición clínica inaparente, distribuidos en asentamientos ubicados entre 4 y 1947 msnm. Se obtuvo una biodiversidad de 22 microorganismos, destacando en frecuencia, a potenciales patógenos como: Besnoitia besnoiti, Anaplasma marginale, Mycoplasma wenyonii y Ureaplasma urealitycum. La utilización del sistema PCR/DGGE incrementa las posibilidades de diagnosticar agentes infecciosos en sangre, y dado que algunos microorganismos reportados son responsables de significativos daños al bovino, refleja esta ventaja biotecnológica a efectos de intervenciones en campo.The study presents the detection of bacteria and parasites in bovine blood stream, in areas of cattle breeding in the Merida State, using the procedure of genetic biodiversity called Desnaturing Gradient Gel Electrophoresis analysis of Polymerase Chain Reaction-Amplified (PCR/DGGE). For this purpose, the blood metagenome of 162 animals (115 Bos taurus and 47 Bubalus bubalis) of inapparent clinical condition, distributed in settlements between 4 and 1947 msnm were evaluated. Biodiversity of 22 microorganisms was obtained, emphasizing in frequency, to potential pathogens such as: Besnoitia besnoiti, Anaplasma marginale, Mycoplasma wenyonii and Ureaplasma urealitycum. The use of the PCR/DGGE system increases the chances of diagnosing infectious agents in blood, and given that some reported microorganisms are responsible for significant damage to the bovine, it reflects this biotechnological advantage for the purposes of field interventions.63-71ambolivar@hotmail.com