Se describe la variabilidad genética del bivalvo dulceacuícola Diplodon chilensis proveniente de tres lagos Nahuelbutanos, cada uno de los cuales presenta barreras geográficas y diferencias ambientales reconocibles como consecuencia de diversos eventos geomorfológicos y antrópicos. Nuestros resultados revelaron que sólo Lago Lleu-Lleu se encuentra de equilibrio Hardy- Weinberg (P< 0.05). El desequilibrio gamético se manifestó en las tres poblaciones p< 0.001 lo que podría explicarse por la complejidad de su ciclo reproductivo. La Posada y Laguna Chica de San Pedro presentan déficit de heterocigotos (Fis). Los valores de Fst global (0.027) y AMOVA para la población total indican que estas poblaciones no están estructuradas lo que sugiere procesos de migración recientes a través de los cursos de agua.