La tilapia (Oreochromis niloticus) es un pez presente en muchos ecosistemas de agua dulce, en diversas regiones de Colombia. Esta especie es una fuente de alimentación de alta demanda de la población en general, por lo cual es de gran interés que su hábitat acuícola estélibre de contaminantes, con el fin que el especimen se desarrolle y crezca normalmente y asípueda ser consumido por el ser humano sin ningún perjuicio. Las branquias y el hígado de peces son considerados como los órganos primarios donde detectar efectos de polución. Este estudio muestra la morfología normal de las branquias e hígado de tilapia, a través de microscopías: de luz, óptica de alta resolución (MOAR), electrónica de transmisión (TEM) y de barrido (MEB); como un estudio básico para futuras investigaciones, en las cuales se puedan comparar tejidos sanos y tejidos expuestos a contaminantes ambientales; por lo cual, este análisis podría ser utilizado como referente para la aplicación como biomarcador histopatológico de estrés ambiental. Para esta investigación se recolectaron especímenes en un afluente del Río Patía (Departamento del Cauca). Sacrificado el animal, se disecó el arco branquial izquierdo y el hígado. Las biopsias se fijaron con las técnicas estándares para microscopías de luz y electrónica. En los cortes obtenidos se observa la organización en forma detallada de los diferentes tejidos que componen a las branquias y al hígado de especímenes sanos.