La claudicación asociada a la enfermedad articular (EA) en el equino atleta es una importante causa de pérdida económica. El programa de entrenamiento intenso provoca sobrecargas biomecánicas en las articulaciones sinoviales con la activación de metaloproteinasas, lo cual ha sido relacionado con la patogénesis de la EA en el caballo, caracterizada por la degradación de la matriz extracelular del cartílago articular. Este fenómeno ocurre tempranamente en la EA provocando la liberación de componentes estructurales del cartílago al espacio articular. Así, varias moléculas componentes normales del tejido articular o subproductos del metabolismo modifican sus concentraciones en el tejido articular y líquido sinovial, por lo cual es factible medirlos y usarlos como biomarcadores moleculares de EA. Un ejemplo de esto es la evaluación en el líquido sinovial de los niveles de agrecán y de colágeno tipo II, moléculas que son producidas en elevada cantidad en esta patología. Este procedimiento ha permitido mejorar el entendimiento y el diagnóstico precoz de la EA en equinos. La presente revisión pretende dar una visión actualizada de los principales biomarcadores moleculares posibles de usar en EA equina, sus orígenes en el tejido articular y el uso en el estudio de la EA del caballo.