Introducción: Las infecciones respiratorias agudas (IRA) constituyen el principal motivo de consultas en centros primarios y de urgencia, así como de hospitalización pediátrica. Objetivos: Caracterizar la morbilidad por IRA hasta el tercer mes de vida y evaluar sus factores de riesgo. Métodos: Cohorte de recién nacidos de término ingresados con sus madres en la Maternidad del Hospital Clínico Regional de Valdivia (n=316). Durante 3 meses de seguimiento se estableció la morbilidad por IRA y estimó la tasa de incidencia global y específica. La asociación entre IRA y factores maternos-neonatales, socioeconómicos y ambientales se evaluó mediante regresión logística stepwise. Resultados: La incidencia de IRA global e IRA baja (IRAB) fue 20,4 y 6,2 episodios por cien meses-niño, respectivamente. La tasas por diagnósticos fueron: resfrío 11,6, síndrome bronquial obstructivo 4,4 y neumonía 0,85 episodios por cien meses-niño. Los factores de riesgo para IRAB fueron: ser hijo de madre soltera (sin pareja) [OR=2,6; Cl95% 1,22-5,60], tabaquismo intradomiciliario [OR=2,9; Cl95%l,34-6,33], uso exclusivo de leña como combustible [OR=4,0; Cl95% 1,66-9,79] y estacionalidad (Marzo-Julio) [OR=7,6; Cl95% 3,25-18,0]. Conclusiones: Las IRA persisten como principal motivo de consulta ambulatoria en lactantes pequeños, en quienes los factores ambientales adquieren vital importancia para su prevención