The aim of this research was to generate an evaluation system of innovation capabilities for small and medium enterprises (SMEs), in order to know innovation capabilities in an organization to identify gaps and fundamental requirements for success. Literature converges in two dimensions to consider innovation: as a system and as a process; where contextual considerations are critical. In order to build the system approaches, models, tools and methodological innovation patterns were investigated. Process characteristics were analyzed for developing countries (DCs), innovation management functions were compared and relationships between functions and system variables were established. As result, five endogenous capabilities required to innovate were determined with their corresponding analysis categories as wells as, two new differentiation elements of innovation processes in PED: learning processes Outbreaks (FPA because of its acronym in Spanish) and incremental innovation outbreaks (FII because of its acronym in Spanish). Results have been applied in four cases of SMEs in Panama, concluding that capability assessment allows organizations to pace on different levels, compare and identify possible gaps and roadmaps to drive innovation processes.El objetivo de la investigación ha sido generar un sistema de evaluación de capacidades de innovación aplicable a pequeñas y medianas empresas (PYMES), de tal manera que se pueda conocer a fondo las capacidades de innovación en una organización permitiendo identificar falencias y requerimientos fundamentales para su éxito. La literatura converge hacia una doble dimensión al estudiar la innovación: como sistema y como proceso; donde las consideraciones contextuales son fundamentales. Para generar el sistema se investigaron enfoques, modelos, herramientas y pautas metodológicas de innovación. Se analizaron las características de procesos desde el punto de vista los países en desarrollo (PED), se compararon funciones de gestión de innovación y se establecieron interrelaciones entre funciones y variables del sistema. Como resultado se determinaron cinco capacidades endógenas requeridas para innovar y sus correspondientes categorías de análisis, así como dos nuevos elementos diferenciadores de procesos de innovación en PED: los focos de procesos de aprendizaje (FPA) y los focos de innovaciones incrementales (FII). Los resultados han sido aplicados en cuatro casos de PYMES en Panamá, concluyendo que la evaluación de capacidades permite situar a las organizaciones en diferentes niveles, compararlas e identificar falencias y posibles hojas de ruta para impulsar procesos de innovación.O objetivo da pesquisa foi gerar um sistema de avaliação de capacidades de inovação aplicável a pequenas e médias empresas (PYMES), de tal maneira que se possa conhecer a fundo as capacidades de inovação numa organização permitindo identificar falhas e necessidades fundamentais para seu sucesso. A literatura converge para uma dupla dimensão ao estudar a inovação: como sistema e como processo, onde as considerações contextuais são fundamentais. Para gerar o sistema se pesquisaram enfoques, modelos, ferramentas e pautas metodológicas de inovação. Analisaram-se as características de processos desde o ponto de vista dos países em desenvolvimento (PED), compararam-se funções de gestão de inovação e se estabeleceram inter-relações entre funções e variáveis do sistema. Como resultado se determinaram cinco capacidades endógenas requeridas para inovar e suas correspondentes categorias de análises, bem como, dois novos elementos diferenciadores de processos de inovação em PED: os focos de processos de aprendizagem (FPA) e os focos de inovações incrementais (FII). Os resultados foram aplicados em quatro casos de PYMES no Panamá, concluindo que a avaliação de capacidades permite situar às organizações em diferentes níveis, compará-las e identificar falhas e possíveis rotas para impulsionar processos de inovação.