Impronta genómica del gen Peg1 en el roedor tetraploide Tympanoctpmys barrerae (Rodentia, Octodontidae)
Autor
Bacquet Pérez, Caroline Nicole Oriana
Institución
Resumen
La impronta génica es un fenómeno que se caracteriza por la expresión monoalélica de un gen en forma dependiente del origen parental del alelo. Los genes que poseen impronta están involucrados en procesos como crecimiento prenatal, formación de la placenta, diferenciación de linajes celulares, y establecimiento de la conducta postnatal. En ratones, el gen Peg1 (o Mest) es de copia única; está ubicado en el cromosoma 6 y posee impronta genómica, expresándose desde el alelo paterno. Mediante análisis de las secuencias nucleotídicas de Peg1 se indagó su expresión en Tympanoctomys barrerae, un roedor con duplicación genómica total. Para ello, se extrajo RNA total de cuatro embriones y se amplificó un fragmento del gen, que fue posteriormente clonado y secuenciado. Al clonar esta región a partir de amplificación de DNA genómico, usando dos de los embriones y su madre, se pudo caracterizar hasta tres alelos por individuo. Sólo uno de estos alelos se expresa en los embriones, lo que demuestra impronta genómica en T. barrerae. Además, se caracterizaron cuatro loci para retropseudogenes en esta especie. Dos de ellos se expresan en los embriones, a pesar de poseer corrimiento en el marco de lectura y codones de término que imposibilitan a estos transcritos para codificar una proteína funcional. Al estudiar la estructura del fragmento genómico obtenido se encontró también un sitio de splicing alternativo, que da origen a una secuencia no funcional de cDNA. Genomic imprinting is the monoallelic expression of genes in a parent-dependent manner. Imprinted genes are implicated in fetal growth, function of the placenta, development of particular cell lineages and postnatal behavior. In mice, Peg1 (also called Mest) is an imprinted, single copy gene, located on chromosome 6, and it is expressed from the paternal allele. Using nucleotide sequence analysis Peg1 gene expression was studied in the rodent Tympanoctomys barrerae, a mammal with whole genome duplication. We purified total RNA from four embryos, and performed RT-PCR in order to amplify a Peg1 fragment, which was cloned and sequenced. When the same fragment was cloned from genomic DNA amplification of two embryos and their mother, three different alleles were characterized. Expression was confirmed for only one of them, indicating genomic imprinting for Peg1. Four retropseudogenes loci were also characterized in this species, two of which are expressed in the embryos, despite they presented frameshifts and stop codons, which make impossible for those transcripts to produce a functional protein. Finally, by analyzing the structure of this genomic region, an alternative splicing site was found, which gave origin to one of the non functional cDNA sequences.