Estudio de proteínas SR putativas en Ustilago maydis

Abstract

"Las proteínas SR participan en el splicing constitutivo y alternativo del pre-ARNm así como en diversas modificaciones posteriores al splicing, incluyendo la exportación de ARNm nuclear, el proceso de NMD y la traducción del ARNm. Las múltiples actividades que pueden realizar las proteínas SR ponen de manifiesto la importancia de las proteínas SR durante la regulación del metabolismo del ARNm. Estructuralmente, una proteína SR presenta uno o dos dominios RRM en el extremo N-terminal, seguido río abajo por un dominio RS de al menos 50 aminoácidos, el cual se caracteriza por un contenido mayor al 40 % en residuos de serina-arginina. Este estudio se basó en el análisis de proteínas SR en Ustilago maydis por medio de dos abordajes, el primero que consistió en la búsqueda de homólogos para proteínas SR de humano y el segundo en identificar todas aquellas proteínas que tuvieran en su secuencia los dominios RRM que caracterizan a las proteínas SR. Se identificó un total de 76 posibles proteínas SR en U. maydis, de las cuales 45 resultaron ser homólogas para proteínas SR de Homo sapiens, presentando una identidad que oscila entre el 20 y el 60 %. Estos resultados se obtuvieron por medio de la búsqueda de proteínas SR en la literatura y, empleando el Blast proteína- proteína en la plataforma del NCBI. Por otro lado, el segundo abordaje se llevó a cabo de tal manera que, primero se realizó la búsqueda de todas aquellas proteínas que tuvieran dominios RRM dentro del genoma de U. maydis con ayuda de la base datos de Pfam, y posteriormente se analizaron las secuencias aminoacídicas para identificar las regiones ricas en residuos de arginina y serina; solo 18 de las proteínas SR putativas de U. maydis presentaban los repetidos RS canónicos y el resto presentaron regiones ricas en R o S de manera separada, la principal función de estos residuos es ser blanco de fosforilaciones y promover la interacción proteína- proteína."