Purificação de formas moleculares múltiplas da lectina de sementes de Capparis yco (CySeL) foi desenvolvida através de fracionamento com sulfato de amônio e cromatografia das frações (F) em CM-Celulose. O protocolo foi efetivo para obter, a partir das F20-40 e F40-80, CySeL1 (12 mg) e CySeL2 (9 mg), respectivamente; adicionalmente revelou diferenças nas propriedades de cargas das isoformas. Cromatografia em coluna de Hitrap SP, não foi eficiente na separação das isoformas. CySeL1 e CySeL2 foram inespecíficas para eritrócitos humanos e elevadas atividades hemaglutinantes específicas (AHE) foram detectadas com células de coelho. AH de CySeL1 foi inibida com monossacarídeos e glicoproteínas, enquanto CySeL2 reconheceu somente glicoproteínas. Cromatografia de afinidade em coluna de fetuína-agarose mostrou que a AH da F20-40 foi mais retida do que a AH da F40- 80. O valor de pH e a presença de íons interferiram diferentemente na AH das isoformas; somente CySeL2 permaneceu ativa em pH 10 e foi estimulada por 40 mM de Ca2+ e Mg2+. CySeL1 e CySeL2 apresentaram o mesmo padrão eletroforético. Em PAGE sob condições nativas, três bandas protéicas que foram extraídas do gel mostraram AH; SDS-PAGE na presença de β-mercaptoetanol revelou dois polipeptídeos de Mr 15 e 14 kDa. Coloração do gel para carboidratos mostrou a natureza glicoprotéica da subunidade de 14 kDa. Quantidades miligramas de isoformas da lectina de sementes de C. yco foram obtidas. As diferenças estruturais de CySeL1 e CySeL2 detectadas na cromatografia em CM-Celulose, inibição da AH com monossacarídeos e efeito do pH e ions na AH associado ao elevado rendimento da purificação das proteínas, indicam a potencial utilização de CySeL1 e CySeL2 em investigações estruturais e de aplicação biotecnológica.