O fermentado de Zymomonas mobilis tem apresentado diversas aplicações terapêuticas contra várias infecções bacterianas. Diante desse fato, o presente trabalho teve como objetivo relacionar a ação terapêutica de Z. mobilis com a produção de bacteriocina além de caracterizar as linhagens através de SDS-PAGE, RAPD e rep-PCR. Para verificar a ocorrência de bacteriocina, foram testadas 6 linhagens de Zymomonas mobilis (CP4, Z1-86A, Z1-86B, Z1-87, Z1-88 e Z2-88) contra as linhagens Escherichia coli K12, E. coli BH57, E. coli ATCC 9637, Salmonella enteritidis, Staphylococcus aureus e Streptococcus faecalis. Os resultados obtidos mostram que todas as linhagens de Zymomonas produzem bacteriocina, exibindo um amplo espectro de ação. Os perfis de atividade antimicrobiana mostraram diferenças significativas em relação ao heteroantagonismo. Foi avaliada também a influência do meio de cultura (SSDL e Schreder) e temperatura (30ºC e 37ºC) na expressão da atividade antagonista produzida pela Z. mobilis. Os dois meios foram eficientes para produção de bacteriocina, porém foi observada melhor atividade bacteriocinogênica para a linhagem Z1-87 no meio Schreder a 37ºC. As bacteriocinas permaneceram estáveis até 80ºC por 15 minutos e foram inativadas pela proteinase K. Não foram observados bacteriófagos e ácidos atuando como prováveis inibidores de crescimento. A cinética da produção de bacteriocina da linhagem Z1-87 no meio Schreder revelou que a produção iniciou na fase logarítmica e se estabilizou na fase estacionária. A análise eletroforética de proteínas totais não foi eficaz para a caracterização genética das linhagens de Z. mobilis. Com a técnica de RAPD foram selecionados sete primers os quais originaram 47 bandas, sendo possível evidenciar o polimorfismo entre as linhagens. O rep-PCR foi bastante sensível para detectar diferenças genéticas entre as linhagens, utilizando os primers ERIC e REP. As linhagens apresentaram um nível de similaridade em torno de 62%