Orientadores: Guilherme Pimentel Telles, Francisco Pereira LoboDissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de ComputaçãoResumo: Estudos em biologia já se caracterizam pela disponibilidade de grandes quantidades de dados, estando além da capacidade humana de compreendê-las sem auxílio computacional. A análise desses dados tem o potencial de identificar diferenças entre espécies e ampliar o nosso entendimento da sua relação filogenética. Neste trabalho apresentamos a extensão de um método de comparação de grupos genômicos via análise de enriquecimento, formalizando e melhorando a sua eficácia, generalidade e escopo. Nossa proposta expande o trabalho anterior ao permitir análises de grupos arbitrários de genomas, compatibilidade com KEGG Orthology, GO e outras, incluindo ontologias definidas pelo próprio usuário. A metodologia foi avaliada em experimentos que permitiram concluir que ela pode ser usada para formular novas hipóteses biológicas e que ela é computacionalmente escalávelAbstract: Biological studies take advantage of the huge data availability, where the amount of information stored is beyond human¿s ability to interpret it without computational tools. The analysis of these data has the potential to identify differences between species and widen our understanding of their phylogenetic relationship. In this work we present the extension of a comparative method between genomic groups through enrichment analysis, formalizing and improving its efficacy, generality and scope. Our proposal expands the previous work by allowing comparison of arbitrary genomic groups, compatibility with KEGG Orthology, GO and others, including user-defined ontologies. The methodology was evaluated in experiments that allowed to conclude that it can be used to formulate new biological hypotheses and that it is computationally scalableMestradoCiência da ComputaçãoMestre em Ciência da Computação