Introduction: Periodontal diseases are infections, caused by microorganisms that colonize oral surfaces in a complex structure called biofilm. Purpose: To describe the microbial composition of subgingival plaque samples in Mexican subjects with chronic periodontitis. Methods: 56 patients (33 with chronic periodontitis and 23 periodontally healthy) were included in the study. Subgingival plaque samples were evaluated using the “checkerboard” DNADNA hybridization technique. Results: Mean DNA probe counts were significantly higher in chronic periodontitis subjects for P. gingivalis (p < 0.001), T. forsythensis (p < 0.01) and for T. denticola and A. actinomycetemcomitans (p < 0.05). Chronic periodontitis subjects also exhibited significantly higher proportions of “red” complex species and significantly lower proportions of Actinomyces species and microorganisms included in the “yellow” complex when compared with healthy subjects. Conclusions: Due to the complexity of the subgingival microbiota detected in Mexican subjects and the differences found with other subject populations, future studies are necessary to aid in the understanding of the role of specific bacterial species in the disease process in our country and the efficacy of periodontal therapies.Introducción: Las enfermedades periodontales son infecciones causadas por microorganismos que colonizan la cavidad oral en una estructura compleja llamada biopelícula. Objetivo: Describir la microbiota subgingival de pacientes mexicanos con periodontitis crónica. Metodología: A 56 pacientes (33 con periodontitis crónica y 23 periodontalmente sanos) les fueron tomadas muestras de placa dentobacteriana subgingival. Las muestras fueron evaluadas microbiológicamente utilizando la técnica “chekerboard” para hibridaciones DNA-DNA. Resultados: Todas las especies evaluadas fueron detectadas tanto en sujetos periodontalmente sanos como con periodontitis crónica. El análisis de las muestras de los sujetos de estudio mostró que P. gingivalis (p < 0.001), T. forsythensis (p < 0.01), T. denticola y A. actinomycetemcomitans (p < 0.05) presentaron cuentas promedio significativamente mayores en la población de sujetos con periodontitis crónica. Los pacientes con periodontitis, mostraron además proporciones más elevadas de especies del complejo “rojo” y menores proporciones de especies de Actinomyces y de especies del complejo “amarillo” cuando fueron comparados con pacientes periodontalmente sanos. Conclusiones: Debido a la complejidad de la microbiota subgingival en sujetos mexicanos y a las diferencias con reportes provenientes de otras poblaciones, es necesario profundizar en el conocimiento y entendimiento del papel de las bacterias que intervienen en el proceso de la enfermedad periodontal en nuestro país. De esta manera, podremos ofrecer a los pacientes mexicanos, tratamientos basados en el conocimiento de las características microbiológicas propias de nuestra población.