O presente trabalho teve como objetivo avaliar a inoculação de micro-organismos encapsulados em mudas de frutíferas verificando a interação do inóculo com agentes encapsulantes como a argila e o alginato. O experimento foi realizado em um delineamento inteiramente casualizado, com cinco repetições, no esquema fatorial 3x2. Os tratamentos foram: controle, inóculo, argila, argila com inóculo, alginato e alginato com inóculo microbiano. As mudas foram mantidas em condições de viveiro durante um período de três meses. As análises realizadas nas plantas foram altura e diâmetro, matéria seca foliar e de raiz. As avaliações no solo foram teor de amônio e nitrato, atividade enzimática da desidrogenase, fosfato solúvel, carbono da biomassa microbiana e número total de bactérias. Nenhum tratamento promoveu o aumento de altura, diâmetro, matéria seca foliar e matéria seca de raiz nas mudas das frutíferas comparado com o tratamento controle. Os agentes encapsulantes promoveram um efeito significativo, nos teores de amônio e nitrato, na concentração de carbono da biomassa microbiana e no número total de bactérias nas mudas de araçá-boi. Paras a mudas de mamey, manga e pitanga não foram encontradas alterações significativas. Os resultados sugerem que os agentes encapsulantes utilizados como a argila e alginato na presença ou ausência de micro-organismos podem melhorar alguns parâmetros de solo, apesar de não terem promovido um maior crescimento vegetal.This study had as aim evaluate the inoculation of immobilized microorganisms at seedlings of fruit trees to verify interaction between encapsulating agents such as clay and alginate. The trial was carried out randomized design with five replicates at 3 x 2 factorial. The treatments were: control, inoculum, clay, clay plus inoculum, alginate and alginate plus microbial inoculum. The seedlings were kept at nursery conditions during three months. The analysis carried out at plants were shoot dry matter and root dry matter. The soil assessment were ammonium and nitrate content, dehydrogenase enzymatic activity, soluble phosphate, microbial biomass carbon bacteria total number. No treatment promoted the increase of plant height, diameter, shoot dry matter and root dry matter of the fruit trees compared to control. The encapsulating agents promoted significant effect at the ammonium and nitrate content at the carbon concentration and also at the bacteria total number at the araçá-boi seedlings. To mamey, manga and pitanga seedlings did not find significant changes. The results suggest that encapsulating agents used such as clay and alginate together with microorganisms or not might improve some soil parameters, even though, the plant growth had not been promoted.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)