Padronização da RT-PCR Duplex, Multiplex e Nested para detecção do vírus zika, dengue e chikungunya

dc.contributorNegrão, Fábio Juliano
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/3058224820874544
dc.contributorNeitzke-Abreu, Herintha Coeto
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/4437054246502970
dc.contributorMachado, Alessandra Aparecida Vieira
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/0671841036495321
dc.creatorMello, Renata Gois de
dc.date2020-09-15T12:08:34Z
dc.date2020-09-15T12:08:34Z
dc.date2017-04-06
dc.date.accessioned2023-09-29T12:24:35Z
dc.date.available2023-09-29T12:24:35Z
dc.identifierMELLO, Renata Gois de. Padronização da RT-PCR Duplex, Multiplex e Nested para detecção do vírus zika, dengue e chikungunya. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Bacharelado em Biotecnologia) – Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS, 2017.
dc.identifierhttp://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/4102
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/9102911
dc.descriptionZika (ZIKV), Dengue (DENV) and Chikungunya (CHIKV) viruses are the most prevalent arboviruses in the Americas. They share the same vector, the Aedes aegypti mosquito, overlap in their endemic areas and have similar clinical symptoms, especially in the initial stages of the infection. In recent years, these arboviruses have increased their area of endemicity and it has been considered a major public health problem. This reinforced the need for the development of laboratory tests to accurately confirm infections by these viruses. These tests should be rapid, specific, efficient, cost-effective and easy to perform, allowing identification of viruses in patients presenting the disease symptoms. This work proposes the standardization of protocols for the identification of the Alphavirus and Flavivirus genera, as well as the simultaneous detection of ZIKV, DENV and CHIKV viruses in a single reaction and differentiation of DENV serotypes. For this, nine pairs of primers already described in the literature which were sensitive and specific to the virus target sequence were used. Three different RT-PCR modalities were used to achieve this purpose, Duplex RT-PCR, Multiplex RT-PCR and Nested RT-PCR. In Duplex RT-PCR reaction, it was only possible to observe the product amplified by primer pair FG1 / FG2, showing that primer pair cM3W / M2W was not as sensitive. In Multiplex RT-PCR reaction, it was only possible to observe the products amplified by DEN-F / DEN-CR and ZIKVEN-F / ZIKVEN-R primers, but CHIKF / CHIKR product was not observed, however, when the reaction was performed separately it was possible to observe all products amplified by each of the primers. In Nested RT-PCR reaction, it was possible to observe only the products amplified by the primers DEN-F / DEN-CR, DEN-1 and DEN-2. These results show that it is still necessary to optimize the primers used and the reactions to increase the sensitivity of the tests performed in this study so that a test can be standardized for the detection of the three arboviruses described herein.
dc.descriptionOs vírus zika (ZIKV), dengue (DENV) e chikungunya (CHIKV) são as arboviroses mais prevalentes nas Américas. Elas compartilham o mesmo vetor, o mosquito Aedes aegypti, se sobrepõem em áreas endêmicas e possuem sintomas clínicos semelhantes nos estágios iniciais da doença. Essas, arboviroses nos últimos anos, aumentaram sua área de endemicidade e são consideradas como um grande problema de saúde pública. Isso reforçou a necessidade do desenvolvimento de testes laboratoriais para confirmar a infecção por essas viroses. Esses testes devem ser rápidos, específicos, eficientes, econômicos e fáceis de serem realizados, permitindo que possa ser feita a identificação dos vírus nos pacientes que apresentarem os sintomas da doença. Este trabalho propôs a padronização de protocolos para a identificação dos gêneros Alphavirus e Flavivirus, além da detecção simultânea dos vírus ZIKV, DENV e CHIKV em uma única reação e diferenciação dos sorotipos do vírus DENV. Para isso foram utilizados nove pares de oligonucleotídeos iniciadores já descritos na literatura que se mostraram sensíveis e específicos à sequência alvo dos vírus. Três modalidades diferentes da RT-PCR foram utilizadas para atingir este propósito: a RT-PCR Duplex, a RT-PCR Multiplex e a Nested RT-PCR. Na reação RT-PCR Duplex foi possível observar apenas o produto amplificado pelo par de oligonucleotídeos iniciadores FG1/FG2, mostrando que o par de oligonucleotídeos iniciadores cM3W/M2W apresentou baixa sensibilidade. Na reação RT-PCR Multiplex, foi possível observar apenas os produtos amplificados pelos oligonucleotídeos iniciadores DEN-F/DEN-CR e ZIKVEN-F/ZIKVEN-R, porém não foi possível observar o produto dos oligonucleotídeos iniciadores CHIKF/CHIKR, no entanto, quando a reação foi realizada separadamente foi possível observar todos os produtos amplificados por cada um dos oligonucleotídeos iniciadores. Na reação Nested RT-PCR, observamos apenas os produtos amplificados pelos oligonucleotídeos iniciadores DEN-F/DEN-CR, DEN-1 e DEN-2. Esses resultados mostram que ainda é necessário a otimização dos oligonucleotídeos iniciadores utilizados e das reações para aumentar a sensibilidade dos testes realizados neste estudo para que se possa padronizar um teste para a detecção das três arboviroses aqui descritas.
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal da Grande Dourados
dc.publisherBrasil
dc.publisherFaculdade de Ciências Biológicas e Ambientais
dc.publisherUFGD
dc.rightsAcesso Aberto
dc.subjectInfecções por arbovirus
dc.subjectTestes laboratoriais
dc.subjectReação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
dc.subjectArbovirus infections
dc.subjectLaboratory test
dc.subjectReverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
dc.subjectCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS
dc.titlePadronização da RT-PCR Duplex, Multiplex e Nested para detecção do vírus zika, dengue e chikungunya
dc.typeTrabalho de Conclusão de Curso


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