Genômica para prospecção de genes de interesse econômico em bovinos Nelore

Genomics for prospecting of economic interest genes in Nellore cattle

dc.contributorGrisolia, Alexeia Barufatti
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/4212280532558083
dc.contributorBorquis, Rusbel Raul Aspilcueta
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/8114675802937977
dc.contributorUtsunomiya, Adam Taiti Harth
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/1465591957675972
dc.contributorPereira, Anirene Galvão Tavares
dc.contributorhttp://lattes.cnpq.br/1043222026498223
dc.creatorNascimento, André Vieira do
dc.date2019-08-09T18:21:37Z
dc.date2019-08-09T18:21:37Z
dc.date2016-07-28
dc.date.accessioned2023-09-29T12:18:02Z
dc.date.available2023-09-29T12:18:02Z
dc.identifierNASCIMENTO, André Vieira do. Genômica para prospecção de genes de interesse econômico em bovinos Nelore. 2016. 84 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Geral/Bioprospecção) – Faculdade de Ciências Biológicas e Ambientais, Universidade Federal da Grande Dourados, Dourados, MS, 2016.
dc.identifierhttp://repositorio.ufgd.edu.br/jspui/handle/prefix/1454
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/9100327
dc.descriptionCattle breeding have a major impact on the Brazilian economy, bringing to the need for more productive animals, capable of maintaining a growing production line, without the conversion of important biomes into pasture areas. Thus, the genome wide association study (GWAS) it is justified, for the identification of markers associated with age at first calving (AFC) and weight at different ages for Nellore cattle. The sample group was decomposed into G1, containing 2273 animals (995 males and 1278 females) genotyped to more than 777,000 panel-markers and G2 (522 females) genotyped with high density than 50,000 markers, which had the genotypes imputed to a more dense panel. The genomic data were submitted to quality control, aiming the removal of markers or biased samples, before and after the imputation. The markers were organized in haplotypic blocks, containing 5 markers each. For AFC the GWAS was performed using two meta-analysis methodologies, the first one considered the independent populations between modeling and the second the existence of correlation between the populations. For weight phenotypes, the association study was based on a linear mixed model. The results were exposed in Manhattan plot. Those haplotypes whose estimated effects were major and/or significant were explored to examine the proximity to cataloged bovine QTL and genes. For reproductive traits, 9 genes and 45 QTLs were found for 1 analysis, while for meta-analysis 2, 11 genes and 129 QTLs. It was possible to identify the characteristics of birth weight, weaning weight, yearling weight, weight gain from birth to weaning and weight gain from weaning to yearling, respectively, 7, 9, 4, 4 and 5 genes. Regarding the QTLs, 25 presented biological function associated to the weight characteristic. The GWAS using the haplotype allele approach proved to be efficient in the search for genetic variants associated with the phenotypes of interest.
dc.descriptionA bovinocultura de corte exerce grande impacto sobre a economia brasileira, trazendo à necessidade de animais mais produtivos, capazes de manter crescente a linha de produção, sem a conversão de importantes biomas em áreas de pastagem. Assim, justifica-se o estudo de associação genômica ampla (GWAS), destinado à identificação de marcadores associados aos fenótipos de idade ao primeiro parto (IPP) e peso em diferentes idades para bovinos Nelore. O grupo amostral foi decomposto em G1, contendo 2273 animais (995 machos e 1278 fêmeas) genotipados para mais de 777.000 marcadores e G2 (522 fêmeas) genotipados em painel com densidade superior a 50.000 marcadores, que tiveram os genótipos imputados para painel mais denso. Os dados genômicos foram submetidos ao controle de qualidade, visando remoção de marcadores ou amostras viesados, antes e após a imputação. Os marcadores foram organizados em blocos haplotípicos, contendo 5 marcadores cada. Para IPP o GWAS foi realizado a partir de duas metodologias de metanálise, a primeira considerou as populações independentes entre modelagens e a segunda a existência de correlação entre as populações. Para os fenótipos de peso, o estudo de associação foi baseado em modelo linear misto. Os resultados foram expostos em Manhattan plot. Aqueles haplótipos cujos efeitos estimados apresentaram-se maiores e/ou significativos, foram explorados para examinar a proximidade com genes e QTLs bovinos catalogados. Para características reprodutivas foram encontrados 9 genes e 45 QTLs para matanálise 1 enquanto para metanálise 2, 11 genes e 129 QTLs. Foi possível identificar para as características de peso ao nascimento, peso a desmama, peso à sobreano, ganho de peso do nascimento ao desmame e ganho de peso do desmame ao sobreano, respectivamente, 7, 9, 4, 4 e 5 genes. Quanto aos QTLs, 25 apresentaram função biológica associada à característica de peso. O GWAS utilizando a abordagem de alelos haplotípicos, mostrou-se eficiente na busca por variantes genéticas associadas aos fenótipos de interesse.
dc.descriptionFundação de Apoio ao Desenvolvimento do Ensino, Ciência e Tecnologia do Estado de Mato Grosso do Sul (FUNDECT)
dc.languagepor
dc.publisherUniversidade Federal da Grande Dourados
dc.publisherBrasil
dc.publisherFaculdade de Ciências Biológicas e Ambientais
dc.publisherPrograma de pós-graduação em Biologia Geral/Bioprospecção
dc.publisherUFGD
dc.rightsAcesso Aberto
dc.subjectZebu
dc.subjectGado de corte
dc.subjectGenômica
dc.subjectBeef cattle
dc.subjectGenomics
dc.subjectCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
dc.titleGenômica para prospecção de genes de interesse econômico em bovinos Nelore
dc.titleGenomics for prospecting of economic interest genes in Nellore cattle
dc.typeDissertação


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