O objetivo do presente estudo foi avaliar a ocorrência dos principais microrganismos periodontopatogênicos e dois viruses herpéticos na saliva e no biofilme microbiano supra e subgengival de 50 crianças e adolescentes com Síndrome de Down, através de métodos moleculares, comparando com um grupo de indivíduos de um grupo controle que não apresentam a síndrome. Espécimes clínicos foram coletados desses pacientes após avaliação das condições sócio-econômicas e comportamentais. A microbiota bucal dos pacientes foi caracterizada através da obtenção de amostras do biofilme subgengival, supragengival e saliva, as quais foram transportadas para o laboratório de Microbiologia e Imunologia da FOA-UNESP para detecção dos principais patógenos por PCR. As características de saúde periodontal foram avaliadas segundo índices específicos. A possibilidade de inter-relações entre os diferentes microrganismos foi determinada através dos testes de Qui-quadrado, teste exato de Fisher e Mann-Whitney. Verificou-se que as condições de saúde periodontal das crianças e adolescentes portadores de Síndrome de Down não diferia significativamente do grupo controle. A ocorrência das espécies microbianas anaeróbias e microaerófilas mais associadas ao ambiente periodontal foi semelhante nos dois grupos de crianças e adolescentes, independentemente da condição gengival, com modesto aumento na ocorrência de Prevotella intermedia e Enterobacteriaceae na saliva dos pacientes sindrômicos, o mesmo ocorrendo com Enterobacteriaceae, Campylobacter rectus, Prevotella nigrescens e gênero Pseudomonas no biofilme supragengival e P. intermedia no biofilme subgengival de pacientes sindrômicos sadios e pseudomonados naqueles com gengivite. A microbiota associada às diferentes condições periodontais nos dois grupos também evidenciou pequenas diferenças, mas confirma o papel...This study aimed to evaluate the occurrence of the major periodontal pathogens and two herpetic viruses in saliva and dental biofilm from 50 children and adolescents with Down’s syndrome through molecular tools, comparing with those of individuals of a control group who did not present this syndrome. Clinical samples were collected from patients soon after evaluation of socioeconomic and behavioral conditions. The oral microflora was characterized by mean of samples of supragingival and subgingival biofilm and saliva, which were transferred to Microbiology and Immunology Laboratory at FOA-UNESP for detection of the major pathogens by PCR. Periodontal conditions were evaluated through specific indexes. The possibility of relationship between different microorganisms and clinical conditions were determined through Chi-Square test, Fisher’s exact test and Mann-Whitney test. It was verified that periodontal conditions of children and adolescents with Down’s syndrome did not differ significantly from the control group conditions. The occurrence of anaerobes and microaerophiles associated with periodontal environment was similar in both groups of children and adolescents, regardless of the gingival condition, with modest increase in the occurrence of Prevotella intermedia and Enterobacteriaceae in the saliva of patients syndromic patients, the same occurred with Enterobacteriaceae, Campylobacter rectus, Prevotella nigrescens and genus Pseudomonas in the supragingival biofilm and P. intermedia in subgingival biofilm of periodontally healthy patients and pseudomonads in syndromic patients with gingivitis. The microbiota associated with different periodontal conditions in both groups showed minor differences, but confirms the role of strict anaerobes in this process as well as the role of and cytomegalovirus and Epstein-Barr virus, while in syndromic patients, besides these... (Complete abstract click electronic access below)