Pedigree reconstruction, relationship and population structure using SNP markers in Gir cattle
Reconstrução de pedigree, parentesco e estrutura de população com uso de marcadores SNP em gado Gir
| dc.contributor | Guimarães, Simone Eliza Facioni | |
| dc.contributor | http://lattes.cnpq.br/3473920876321494 | |
| dc.contributor | Panetto, João Cláudio do Carmo | |
| dc.contributor | Otto, Pamela Itajara | |
| dc.contributor | Lopes, Marcos Soares | |
| dc.creator | Garcia, Arielly Oliveira | |
| dc.date | 2022-12-15T11:05:42Z | |
| dc.date | 2022-12-15T11:05:42Z | |
| dc.date | 2021-05-27 | |
| dc.date.accessioned | 2023-09-27T21:05:15Z | |
| dc.date.available | 2023-09-27T21:05:15Z | |
| dc.identifier | GARCIA, Arielly Oliveira. Pedigree reconstruction, relationship and population structure using SNP markers in Gir cattle.. 2021.109 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Universidade Federal de Viçosa, Viçosa. 2021. | |
| dc.identifier | https://locus.ufv.br//handle/123456789/30254 | |
| dc.identifier.uri | https://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8954299 | |
| dc.description | Over time estimates of genetic values and studies of the structure and genetic diversity of animal populations have been carried out using traditional methods. Using only pedigree records, it was possible to obtain valuable information on their productive potential, history of population and genetic diversity. Consequently, incorrect or incomplete pedigree information could considerably reduce the accuracy of the analyzes. Currently, the use of markers has allowed the correction of information contained in the pedigree, in addition to estimating the relationship between animals more accurately, including in the absence of a pedigree. More accurate estimates of population parameters, such as inbreeding, linkage disequilibrium and effective size are also possible. With these parameters, we can evaluate the population structure and genetic diversity, guiding management and mating strategies in herds and the population as a whole. In this context, our general objectives were i. Identify a set of at least 1000 SNP markers, present in the main commercial chips, that accurately allow parentage assignment to be carried out in Gir breed; ii. Estimate relationship coefficients in Gir cattle based on SNP markers; iii. Estimate the inbreeding coefficients in Gir animals through runs of homozygosity; iv. Estimate the effective population size based on linkage disequilibrium in Gir cattle. We used the likelihood ratio approach to reconstruct the pedigree of Gir cattle, in order to correct any errors in annotation and to deepen the information contained in the pedigree records. The approach proved to be satisfactory, improving the depth of the pedigree and showing that it is well established in terms of recent information. The relationship coefficients allowed us to assess the distribution of values for each relationship category of the reconstructed pedigree. The population structure of the Gir breed was analyzed using effective size, linkage disequilibrium and inbreeding based on runs of homozygosity (ROH). In which a decrease in effective size and levels of inbreeding were detected, especially those based on short segments of ROH, with moderate to high values, suggesting the presence of bottlenecks in the genome of Gir cattle. On the other hand, a lower percentage of ROH resided in the longest ROH classes. The present study provides important information that can be added to the Brazilian Dairy Gir Breeding Program (PNMGL) to increase the accuracy and volume of records, in addition to assisting in the development of mating management strategies. Keywords: Likelihood approach. Parentage analysis. Population parameters. Probability. | |
| dc.description | Ao longo do tempo, estimativas de valores genéticos e estudos de estrutura e diversidade genética das populações animais têm sido realizadas por métodos tradicionais. Utilizando apenas os registros de pedigree era possível obter informações valiosas sobre o potencial produtivo, a história da população e a diversidade genética. Consequentemente, informações de pedigree incorretas ou incompletas podiam reduzir consideravelmente a acurácia das análises. Atualmente, o uso de marcadores tem permitido a correção de informações contidas no pedigree, além de estimar o parentesco entre os animais de forma mais acurada, inclusive na ausência de pedigree. Estimativas mais acuradas de parâmetros populacionais, como endogamia, desequilíbrio de ligação e tamanho efetivo também são possíveis. Com esses parâmetros podemos avaliar a estrutura populacional e a diversidade genética, orientando estratégias de manejo e acasalamento nos rebanhos e na população como um todo. Nesse contexto, nossos objetivos gerais foram: i. Identificar um conjunto de pelo menos 1000 marcadores SNP, presentes nos principais chips comerciais, que permitam com precisão a atribuição de paternidade na raça Gir; ii. Estimar coeficientes de relacionamento em gado Gir com base em marcadores SNP; iii. Estimar coeficientes de endogamia em animais Gir por meio de corridas de homozigose; 4. Estimar tamanho efetivo da população com base no desequilíbrio de ligação em gado Gir. Nós utilizamos a abordagem da razão de verossimilhança para reconstruir o pedigree do gado Gir, a fim de corrigir eventuais erros de anotação e aprofundar as informações contidas nos registros de pedigree. A abordagem provou ser satisfatória, melhorando a profundidade do pedigree e mostrando que ele é bem estabelecido quanto à informações recentes. Os coeficientes de parentesco nos permitiram avaliar a distribuição dos valores para cada categoria do pedigree reconstruído. A estrutura populacional da raça Gir foi analisada por meio do tamanho efetivo, desequilíbrio de ligação e endogamia baseada em corridas de homozigose (ROH). Em que detectamos uma diminuição no tamanho efetivo, e níveis de endogamia, especialmente aqueles baseados em segmentos curtos de ROH, com valores moderados a altos, sugerindo a presença de gargalos no desenvolvimento da população de gado Gir no Brasil. Por outro lado, uma menor porcentagem de ROH residia nas classes de ROH mais longas. O presente estudo fornece informações importantes que podem ser agregadas ao Programa Nacional de Melhoramento do Gir Leiteiro (PNMGL) para aumentar a acurácia e o volume dos registros, além de auxiliar no desenvolvimento de estratégias de manejo de acasalamento. Palavras-chave: Abordagem de verossimilhança. Análise de paternidade. Parâmetros populacionais. Probabilidade. | |
| dc.description | Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior | |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.language | eng | |
| dc.publisher | Universidade Federal de Viçosa | |
| dc.publisher | Zootecnia | |
| dc.rights | Acesso Aberto | |
| dc.subject | Gir (bovino) | |
| dc.subject | Funções Verossimilhança | |
| dc.subject | Paternidade | |
| dc.subject | Animais - População | |
| dc.subject | Genética e Melhoramento dos Animais Domésticos | |
| dc.title | Pedigree reconstruction, relationship and population structure using SNP markers in Gir cattle | |
| dc.title | Reconstrução de pedigree, parentesco e estrutura de população com uso de marcadores SNP em gado Gir | |
| dc.type | Dissertação |