Caracterização e investigação da expressão do sistema CRISPR/Cas em isolados clínicos de Acinetobacter baumannii

dc.contributorLeal-Balbino, Tereza Cristina
dc.contributorLuz, Ana Carolina de Oliveira
dc.contributorLeal-Balbino, Tereza Cristina
dc.contributorReis, Robson de Souza
dc.contributorViana, Isabelle Freire Tabosa
dc.creatorSilva, Adrianne Maria de Albuquerque
dc.date2022-10-24T12:16:04Z
dc.date2022-10-24T12:16:04Z
dc.date2021
dc.date.accessioned2023-09-26T23:42:43Z
dc.date.available2023-09-26T23:42:43Z
dc.identifierSILVA, Adrianne Maria de Albuquerque. Caracterização e investigação da expressão do sistema CRISPR. 2021. 95 p. Dissertação, (mestrado)-Instituto Aggeu Magalhães, Fundação Oswaldo Cruz, Recife, 2021.
dc.identifierhttps://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/55259
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8893424
dc.descriptionAcinetobacter baumannii é um dos principais patógenos nosocomiais, cujas características contribuem para o desenvolvimento de surtos, principalmente em Unidades de Tratamento Intensivo (UTIs). Dentre os mecanismos de defesa que a espécie dispõe, destaca-se o sistema CRISPR/Cas, que confere aos seus hospedeiros a proteção contra a invasão de elementos genéticos móveis indesejados, como bacteriófagos. O CRISPR ( Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats ) corresponde a uma família de DNA repetitivo, presente no genoma de procariotos e arqueas, associados aos genes cas (CRISPR- associated ), que codificam para proteínas com diversas funções. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a expressão do sistema CRISPR/Cas em condições padrão, bem como a conferência de imunidade a bacteriófagos. Os genomas de 14 isolados foram analisados acerca da presença de profagos utilizando a ferramenta Phaster. O alinhamento de sequências através da ferramenta BLASTn contra os bancos de dados NCBI, Uniprot, CRISPRdb e CRISPR Target foi realizado para identificar a origem dos espaçadores nos CRISPR. A ferramenta AcrFinder e o alinhamento por BLASTx com sequências do banco de dados AcrHub, foram utilizados para identificar genes anti-CRISPR ( acr ). Para avaliar a expressão do sistema, foi aplicada a técnica de RT-PCR para os genes cas1 e csy1 , tendo como controle o gene rpoB . Foram identificadas regiões correspondentes a profagos em 13 isolados. Do total de 150 sequências espaçadoras, 48 apresentaram correspondência com bacteriófagos. Nenhum gene acr foi identificado nos genomas analisados. Todos os isolados estudados expressaram os genes cas1 e csy1 . Sete dos 14 genomas possuem uma região de profago e, pelo menos, um espaçador correspondente de forma simultânea. Tais achados sugerem que a defesa promovida pelo CRISPR esteja mantendo os profagos em estado de dormência. No entanto, demais estudos sobre a funcionalidade do sistema são necessários em bactérias de interesse clínico.
dc.descriptionAcinetobacter baumannii is one of the major nosocomial pathogens, whose characteristics contribute to the development of outbreaks, especially in Intesive Care Units (ICUs). Among this species' defense mechanisms, the CRISPR/Cas system stands out, providing its hosts protection agains unwanted mobile genetic elements invasions, such as bacteriophages. CRISPR (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) corresponds to a family of repetitive DNA, found in prokaryote and archaea's genomes, associated to cas genes, that codify proteins with diverse functions. The present study aimed to evaluate CRISPR/Cas system’s expression under standard growth conditions, as well as its immunization against bacteriophage. The 14 isolates' genomes were analyzed concerning the prophages presence using the Phaster tool. Sequence alignment using the BLASTn tool against NCBI, Uniprot, CRISPRdb and CRISPR Target database was performed to identify the CRISPR's spacers origins. The AcrFinder tool as well as the alignment using BLASTx against sequences obtained from the AcrHub database were performed to identify anti-CRISPR ( acr ) genes. RT-PCR technique was applied to the cas1 and csy1 genes, to evaluate the system's expression, using the rpoB gene as control. Prophage regions could be identified in 13 of the isolates. From the total of 150 spacers sequences, 48 showed similarity to bacteriophages. No acr gene was found in the analyzed genomes. The cas1 and csy1 genes were expressed in all the isolates studied. Prophage regions were identified in seven out of the 14 genomes and at least one correspondent spacer, simultaneously. Those findings suggest that CRISPR defense may keep the prophages dormant. However, it is still necessary other studies regarding the system's functionality in bacterium of clinical interest.
dc.formatapplication/pdf
dc.languagepor
dc.rightsopen access
dc.subjectRepetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadas
dc.subjectSistemas CRISPR-Cas
dc.subjectProteínas Associadas a CRISPR
dc.subjectAcinetobacter baumannii
dc.subjectPrófagos
dc.subjectReação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
dc.subjectClustered Regularly Spaced Short Palindromic Repeats
dc.subjectCRISPR-Cas Systems
dc.subjectCRISPR Associated Proteins
dc.subjectAcinetobacter baumannii
dc.subjectprophages
dc.subjectReverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction
dc.subjectRepeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente espaciadas
dc.subjectSistemas CRISPR-Cas
dc.subjectProteínas asociadas a CRISPR
dc.subjectAcinetobacter baumannii
dc.subjectprofagos
dc.subjectReacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa inversa
dc.subjectRépétitions palindromiques courtes régulièrement espacées groupées
dc.subjectSystèmes CRISPR-Cas
dc.subjectProtéines associées CRISPR
dc.subjectAcinetobacter baumannii
dc.subjectprophages
dc.subjectRéaction en chaîne par polymérase transcriptase inverse
dc.subjectRepetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Espaçadasgenet
dc.subjectSistemas CRISPR-Cas
dc.subjectProteínas Associadas a CRISPRclas
dc.subjectAcinetobacter baumanniigenet
dc.subjectPrófagos
dc.subjectReação em Cadeia da Polimerase Via Transcriptase Reversa
dc.titleCaracterização e investigação da expressão do sistema CRISPR/Cas em isolados clínicos de Acinetobacter baumannii
dc.typeDissertation


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