SAGA: Sistema de análise genômica dos arbovírus Zika Virus, Dengue Virus, Chikungunya Virus e Yellow Fever Virus

dc.contributorQueiroz, Artur Trancoso Lopo de
dc.contributorQueiroz, Artur Trancoso Lopo de
dc.contributorSilva, Luciano Kalabric
dc.contributorRamos, Pablo Ivan Pereira
dc.contributorAraújo, Thessika Hialla Almeida
dc.creatorGonçalves, José Irahe Kasprzykowski
dc.date2021-12-04T00:13:40Z
dc.date2021-12-04T00:13:40Z
dc.date2020
dc.date.accessioned2023-09-26T22:27:58Z
dc.date.available2023-09-26T22:27:58Z
dc.identifierGONÇALVES, José Irahe Kasprzykowski. SAGA: Sistema de análise genômica dos arbovírus Zika Virus, Dengue Virus, Chikungunya Virus e Yellow Fever Virus. 2020. 95 f. Tese (Doutorado em Biotecnologia em Saúde e Medicina Investigativa)-Instituto Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, 2020.
dc.identifierhttps://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/50167
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8879588
dc.descriptionINTRODUÇÃO: Doenças causadas por arbovírus (ARthropod-BOrne VIRUS) representam um grave problema de saúde pública. Com a expansão do vetor Aedes aegypti há o agravante crescimento dos casos de arboviroses no país nos últimos 10 anos. Para melhor abordar esse problema, é preciso obter o máximo de informações sobre os agentes etiológicos associados. Informações como classificação, mapeamento genômico e resposta imune. OBJETIVO: Assim, o objetivo deste trabalho é desenvolver uma plataforma de coleta e análise automáticas e contínuas de informações genômicas dos arbovírus Zika Virus, Dengue Virus, Chikungunya Virus e Yellow Fever Virus. MATERIAL E MÉTODOS: Para tal, foram importadas sequências nucleotídicas dos bancos de dados internacionais (GenBank, DDBJ e EMBL). Estas sequências foram classificadas quanto aos subtipos disponíveis na literatura para cada vírus, e mapeada ainda quanto a sua região de correspondência com a anotação do genoma completo do organismo. A partir daí, foram importados todos os epítopos do IEDB(Immune Epitope Database) e mapeados nas regiões codificantes das sequências. Foi então construido uma interface de acesso WEB onde é possível verificar secções semanais de dados. RESULTADOS: Do corte inicial foi possível obter informações como frequência de subtipo. Onde os mais frequentes são o subtipo tanzaniano, com presença de 73,10% nas sequências de Chikungunya virus; o Subtipo 1 com 34,53% de frequência nas sequências de Dengue vírus; o subtipo peruano com 59,18% nas sequências do vírus da febre amarela e o subtipo do Camboja com 51,35% das sequências do Zika virus. Em relação ao mapeamento genômico os dados mostram que a região mais bem representada no conjunto de dados é aquela que codifica a proteína do envelope viral. O mapeamento dos epítopos mostraram que o epítopo \201CAMTDTTPFGQQRVFK\201D é o mais frequente no vírus da dengue enquanto o \201CSTKDNFNVYKATRPYLAHC é mais frequente no Chikungunya. Já no vírus da zika, o epítopo mais frequentemente observado é o \201CDQRGSGQVVTYALNT\201D e, para o Vírus da Febre Amarela, o epítopo \201CDRDFIEGVHGGTWVS\201D. CONCLUSÃO: Assim, a plataforma desenvolvida representa uma importante ferramenta de suporte a estudos sobre os agentes etiológicos em questão. Uma vez que gera continuamente informações relevantes, além de organizar, armazenar e disponibilizar secções personalizadas de dados. Estas informações reduzem o tempo necessário para realizar estudos sobre estes organismos, acelerando assim os processos de desenvolvimento de vacinas e técnicas diagnósticas.
dc.descriptionINTRODUCTION: Diseases caused by arboviruses (ARthropod-BOrne VIRUS) represent a serious public health problem. With the expansion of the Aedes aegypti vector, there has been an aggravating growth in cases of arboviruses in the country in the last 10 years. To better address this problem, it is necessary to obtain as much information about the associated etiological agents. Information such as classification, genomic mapping and immune response. OBJECTIVE: Thus, the objective of this work is to develop a platform for automatic and continuous collection and analysis of genomic information of the arboviruses Zika Virus, Dengue Virus, Chikungunya Virus e Yellow Fever Virus. MATERIAL AND METHODS: To this end, genomic sequences were imported from international databases (GenBank, DDBJ and EMBL). These sequences were classified according to the subtypes available in the literature for each virus, and also mapped according to their region of correspondence with the annotation of the organism complete genome. From there, all epitopes from the IEDB (Immune Epitope Database) were imported and mapped in the coding regions of the sequences. A WEB interface was then built where it is possible to check weekly sections of data. RESULTS: From the initial cut it was possible to obtain information such as subtype frequency. Where the most frequent are the Tanzanian subtype, with a presence of 73.10% in the sequences of Chikungunya virus; Subtype 1 with a frequency of 34.53% in Dengue virus sequences; the Peruvian subtype with 59.18% of the yellow fever virus sequences and the Cambodia subtype with 51.35% of the Zika virus sequences. Regarding genomic mapping, the data show that the region best represented in the dataset is the one that encodes the viral envelope protein. Epitope mapping showed that the \201CAMTDTTPFGQQRVFK\201D epitope is the most frequent in the dengue virus while the \201CSTKDNFNVYKATRPYLAHC\201D is the most frequent in Chikungunya. In the Zika virus, t epitope "DRDFIEGVHGGTWVS". CONCLUSION: Thus, the developed platform represents an important support tool for studies on the etiological agents in question. As it continuously generates relevant information, in addition to organizing, storing and making available personalized sections of data. This information reduces the time needed to carry out studies on these organisms, thus speeding up the vaccine development processes and diagnostic techniques.
dc.formatapplication/pdf
dc.languagepor
dc.rightsopen access
dc.subjectVirologia
dc.subjectGenômica
dc.subjectBioinformática
dc.subjectZika
dc.subjectChikungunya
dc.subjectDengue
dc.subjectFebre Amarela
dc.subjectVirology
dc.subjectGenômics
dc.subjectBioinformathics
dc.subjectZika
dc.subjectChikungunya
dc.subjectDengue
dc.subjectYellow Fever
dc.subjectVirologia
dc.subjectGenomica
dc.subjectBioinformática
dc.subjectZika
dc.subjectChikungunya
dc.subjectDengue
dc.titleSAGA: Sistema de análise genômica dos arbovírus Zika Virus, Dengue Virus, Chikungunya Virus e Yellow Fever Virus
dc.typeThesis


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