Estudo da diversidade genética de calicivírus humanos, 2004-2014: variantes de norovirus GII.4, genogrupo IV e sapovirus em amostras clínicas e ambientais

dc.contributorMiagostovich, Marize Pereira
dc.creatorFioretti, Julia Monassa
dc.date2017-11-09T18:06:43Z
dc.date2017-11-09T18:06:43Z
dc.date2016
dc.date.accessioned2023-09-26T20:39:00Z
dc.date.available2023-09-26T20:39:00Z
dc.identifierFIORETTI, Julia Monassa. Estudo da diversidade genética de calicivírus humanos, 2004-2014: variantes de norovirus GII.4, genogrupo IV e sapovirus em amostras clínicas e ambientais. 2016. 123 f. Tese (Douturado em Biologia Celular e Molecular)-Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 2016.
dc.identifierhttps://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/23119
dc.identifier.urihttps://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8861319
dc.descriptionOs gêneros Norovirus e Sapovirus, pertencentes à família Caliciviridae, são descritos infectando humanos. Os calicivírus humanos (CaV) desempenham um importante papel como agente etiológico de surtos de gastrenterite aguda (GA) no mundo, com especial destaque para os norovirus (NoV) do genótipo GII.4 por sua diversidade e associação a pandemias. Entretanto, na última década outros membros da família, como os NoV GIV e os sapovirus (SaV), vêm sendo associados a casos de GA, porém com poucos estudos no país. Este trabalho teve como objetivo avaliar a frequência, disseminação, diversidade genética e distribuição temporal dos CaV humanos no período de 2004 \2013 2014 a partir de amostras clinicas e ambientais. Em um primeiro estudo, 147 amostras de NoV GII.4 obtidas de diferentes regiões do Brasil, em um intervalo de 9 anos (2004 \2013 2012), foram caracterizadas para determinação e avaliação da dinâmica temporal das variantes deste genótipo no país. Seis variantes foram detectadas no período (Asia_2003, Hunter_2004, Yerseke_2006a, Den Haag_2006b, New Orleans_2009 e Sydney_2012), sendo observada a emergência de novas estirpes com posterior substituição das anteriores circulantes. A principal variante detectada neste estudo, a Den Haag_2006b, apresentou duas sublinhagens temporalmente e filogeneticamente distintas. Este foi o primeiro estudo na América Latina a evidenciar o padrão de temporalidade deste genótipo em amostras provenientes de casos de GA. Para investigação dos NoV GIV e SaV foi realizado um estudo de vigilância destes vírus no estado do Rio de Janeiro utilizando amostras clínicas provenientes de casos de GA no período de 2012 \2013 2014 e amostras de esgoto coletadas (2013 \2013 2014) da principal estação de tratamento do estado NoV GI, GII e GIV foram responsáveis por 27% (87/316) dos casos de GA estudados, sendo descrita a ocorrência do GIV em amostras de fezes pela primeira vez no Brasil. Em relação às amostras ambientais, foi observada a presença de NoV GI, GII e GIV em águas residuárias não tratadas e tratadas. Um achado importante foi a presença de GII durante todo o ano, sem padrão de sazonalidade clara, assim como a maior prevalência de GI e GIV no esgoto quando comparado com amostras clínicas. O sequenciamento parcial do gene que codifica o capsídeo demonstrou a circulação do NoV GIV, com identidade nucleotídica variando entre 99.3 a 100% entre amostras clinicas e ambientais. A circulação de SaV foi demonstrada em 3.5% (12/342) das amostras clinicas e pela primeira vez no país em amostras ambientais (51/156 [33.0%]), sendo caracterizados como SaV GI.1, GI.2, GI.6, GII.1 e GV.I. O elevado percentual de positividade em amostras de águas residuárias sugere a ocorrência de casos assintomáticos destes vírus. A utilização de duas abordagens metodológicas demonstrou diferenças na frequência, diversidade genética e padrões de sazonalidade destes vírus, revelando o impacto dos CaV humanos como agentes etiológicos de casos de GA no Estado e enfatizando a necessidade de se estabelecer redes de diagnóstico e vigilância, principalmente pela rápida capacidade evolutiva, em especial do NoV GII.4, responsáveis por pandemias após a introdução de novas variantes.
dc.descriptionHuman calicivirus (CaV), belonging to Norovirus and Sapovirus genres of Caliciviridae family, play an important role as an etiologic agent of acute gastroenteritis (AGE) outbreaks in the world, with special emphasis on the norovirus GII.4 genotype (NoV) for its diversity and association with pandemics. However, in the last decade, other family members as GIV NoV and Sapovirus (SaV) have been associated with cases of AGE, however few studies in the country have been performed. This study aimed to evaluate the frequency, spread, genetic diversity and temporal distribution of human CaV during the period of 2004 to 2014 from clinical and environmental samples. In the first study, 147 samples of GII.4 NoV, obtained from different regions of Brazil, in a range of 9 years (2004 \2013 2012), were characterized in order to determine and evaluate the temporal dynamics of variants of this genotype in the country. Six variants were detected in the period (Asia_2003, Hunter_2004, Yerseke_2006a, Den Haag_2006b, New Orleans_2009 and Sydney_2012), and observed the emergence of new strains with subsequent replacement of the previous circulating. The main variant detected in this study, Den Haag_2006b, presented two sublineages temporally and phylogenetically distinct. This was the first study in Latin America that demonstrates the seasonnality pattern of this genotype in samples from AGE cases. For investigation of GIV NoV and SaV, was performed a surveillance study of these viruses in Rio de Janeiro State by using clinical samples from AGE cases during 2012 \2013 2014 and sewage samples collected (2013 \2013 2014) from the main treatment plant of State. GI, GII and GIV NoV accounted for 27% (87/316) of AGE cases studied, with the description of occurrence of GIV in stool samples for the first time in Brazil Regarding the environmental samples, were observed the presence of GI, GII and GIV NoV in treated and untreated wastewater. An important finding was the presence of GII throughout the year, with no clear seasonality pattern, as well as a higher prevalence of GI and GIV in sewage when compared with clinical specimens. The partial sequencing of the gene that codifies for capsid revealed the circulation of GIV NoV with nucleotide identities ranging from 99.3 to 100% between clinical and environmental samples. SaV circulation was demonstrated in 3.5% (12/342) of clinical specimens and for the first time in the country in environmental samples (51/156 [33.0%]), being characterized as SaV GI.1, GI.2, GI.6, GII.1 and GV.I. The high positivity rate in wastewater samples suggests the occurrence of asymptomatic cases of these viruses. The use of two methodological approaches demonstrated differences in the frequency, genetic diversity and seasonality patterns of these viruses, revealing the impact of human CaV as agents of AGE cases in the State and emphasizing the need to establish diagnostic and surveillance networks, especially by the rapid evolutionary capacity, in particular NoV GII.4 responsible for pandemics after the introduction of new variants.
dc.formatapplication/pdf
dc.languagepor
dc.rightsopen access
dc.subjectNorovirus
dc.subjectVariação Genética
dc.subjectSapovirus
dc.subjectSapovirus
dc.subjectNorovirus
dc.subjectVariação Genética
dc.titleEstudo da diversidade genética de calicivírus humanos, 2004-2014: variantes de norovirus GII.4, genogrupo IV e sapovirus em amostras clínicas e ambientais
dc.typeThesis


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