| dc.contributor | Guimarães, Monick Lindenmeyer | |
| dc.creator | Abreu, Júlia Guimarães Barcellos de | |
| dc.date | 2022-01-05T17:08:36Z | |
| dc.date | 2022-01-05T17:08:36Z | |
| dc.date | 2020 | |
| dc.date.accessioned | 2023-09-26T20:23:33Z | |
| dc.date.available | 2023-09-26T20:23:33Z | |
| dc.identifier | ABREU, Júlia Guimarães Barcellos de. Análise do uso diferencial dos correceptores de entrada pelos subtipos B (variante pandêmica e brasileira) e sub-subtipo F1 DO HIV-1 baseada na região V3 e a possível associação com posições de proteínas regulatórias e acessórias. 2020. 107f. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária) - Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2020. | |
| dc.identifier | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/50636 | |
| dc.identifier.uri | https://repositorioslatinoamericanos.uchile.cl/handle/2250/8855878 | |
| dc.description | Muitos estudos demonstram que diversos aspectos da infecção pelo HIV, como a progressão para doença e patogênese, podem ser afetados pela sua alta diversidade genética. No início da infecção, nota-se o uso preferencial do correceptor CCR5 para entrada do vírus na célula e, ao decorrer da progressão para aids, cerca de 40% dos vírus do subtipo B do HIV-1 fazem a troca para uso do correceptor CXCR4. Já foi demonstrado que esse uso pode variar de acordo com o subtipo viral. Contudo, há poucos estudos avaliando a relação dos subtipos/variantes prevalentes no Brasil com tropismo. Ensaios genotípicos de predição de tropismo são baseados na sequência da alça V3 da glicoproteína 120 (gp 120) do envelope viral, que é o sítio de ligação com o receptor da célula hospedeira. Além disso, estudos recentes sugeriram que variação na conservação de amino ácidos de algumas posições em outros genes poderiam estar associadas ao tropismo viral. Assim, no presente estudo, visamos avaliar um conjunto de indivíduos HIV-1 cronicamente infectados dos subtipos B, variantes pandêmica (BPAN) e brasileira (BBR), e F1 para determinar a influência do subtipo/variante e de substituições de aminoácidos em outras proteínas viraiscom o tropismo pelos correceptores CCR5 e CXCR4. Para isso, realizamos um estudo transversal, analisando a região C2V3 da gp120, com amostras de 159 pacientes em falha terapêutica, previamente genotipadas de acordo com a região da polimerase viral como F1 (n=35) ou B (n=124) Em um total de 124 amostras foi possível realizar as etapas de amplificação e sequenciamento do genoma viral com sucesso. Baseada na análise filogenética, confirmamos que 76 (61,3%) pacientes estavam infectados por cepas Bpol/ Benv, 17 (13,7%) Bpol/BBRenv, 25 (20,2%) F1pol/F1env, 3 (2,4%) F1pol/Benv e 3 (2,4%) Bpol/F1env. A predição do tropismo foi obtida utilizando a plataforma Geno2Pheno. Foram classificadas 43,04% das sequências BPAN como não-R5 trópicas, corroborando dados da literatura, enquanto porcentagens menores foram observadas para as sequências BBR (29,42%) e F1 (14,28%), sendo a frequência menor neste grupo estatisticamente significativa quando comparada ao grupo BPAN não-R5 (p= 0.0062). A fim de verificar abundância em posições de aminoácidos na região Vif-Rev associadas com tropismo, foi analisado um subconjunto de amostras de cada um dos subtipos/variantes com tropismo R5 ou não-R5, juntamente com sequências brasileiras obtidas da base de dados de HIV de Los Alamos. Algumas posições nas proteínas analisadas apresentaram subtipoespecificidade, sendo algumas dessas em sítios relevantes para a atividade da proteína As análises corroboraram maior conservação em posições previamente descritas como relacionadas ao tropismo em Tat e Vpr, no entanto, nenhuma apresentou assinaturas típicas correlacionadas com a troca do correceptor em todos os subtipos estudados. No entanto, para a proteína Vif, a posição 45 apresentou troca do aminoácido ácido glutâmico em R5 para tirosina em não-R5 na variante BBR, levando a sugestão de possível impacto na atividade de inibição da APOBEC. E para a proteína Vpu, vimos correlação nas posições 6 (tirosina R5 para isoleucina não-R5 em BBR) e 35, que apresentou troca de aminoácido arginina R5 para serina não-R5 no subsubtipo F1, posição relevante na zona de ligação com o CD4. Portanto, nossos achados corroboram que as estratégias evolutivas para o uso do correceptor podem variar de acordo com o subtipo viral, e que outras regiões genômicas virais podem estar associadas a esse processo. | |
| dc.description | Many studies have shown that various aspects of HIV infection, such as disease progression and pathogenesis, can be affected by its high genetic diversity. At early stages of infection, it\2019s noticed that the virus preferably uses coreceptor CCR5 to enter the host cell, and through the progression to AIDS, around 40% of HIV-1 subtype B viruses switch to using coreceptor CXCR4. It has been previously demonstrated that different use of coreceptors may vary according to the viral subtype. Yet, there are still few studies evaluating this link between the subtypes/variants prevalent in Brazil and their differential coreceptor use. Genotypic assays for tropism prediction are based on the sequence of the V3 loop of the viral envelope glycoprotein 120 (gp120), which is the binding site with the host cell coreceptor. Moreover, recent studies have suggested that variations in amino acid conservation of some positions in other genes could also be associated with viral tropism. Thus, in this work, we aimed to analyse a set of HIV-1 chronically infected individuals from subtype B, pandemic and Brazilian (BBR) variants, and F1 to determine the influence of the subtype/variant on the CCR5 or CXCR4 tropism, as well as, to analyse the impact of amino acid substitutions in other viral proteins on that tropism We performed a transversal study including 159 patients facing treatment failure, previously genotyped according to the polymerase region as F1 (n=35) or B (n=124). A total of 124 samples were successfully amplified and sequenced. Based on the phylogenetic envelope analysis, we confirmed that 76 (61,3%) of those were Bpol/ Benv, 17 (13,7%) were Bpol/BBRenv, 25 were F1pol/F1env, 3 were F1pol/Benv and 3 were Bpol/F1env. Coreceptor tropism prediction was obtained using the platform Geno2Pheno. 43,04% of BPAN sequences were classified as non-R5 tropic, in accordance with previous studies, whilst lower percentages were found in BBR (29,42%) and of F1 (14,28%) sequences (p= 0.0204). When compared to the BPAN percentage of non-R5 tropism, the results for BBR were not statistically divergent (p= 0.4161), whereas the results for F1 were highly significant (p= 0.0062). In order to search for amino acid abundance associated with tropism in the Vif-Rev region, we analysed a subgroup of samples from each of the subtypes/variants according to the R5 or nonR5 tropism, along with Brazilian sequences obtained from Los Alamos HIV database Some positions of the analysed proteins presented subtype-specificity, some of those in relevant sites for protein activity. Analysis corroborated highest conservation in positions previously described as tropism related in Tat and Vpr, however, none of them presented typical signatures correlated with coreceptor switch for all the studied subtypes. On the other hand, for the Vif protein, position 45 presented amino acid substitution, from glutamic acid in R5 to tyrosine in non-R5 for the BBR variant, suggesting possible impact on APOBEC inhibition activity. For protein Vpu, we found corelation with tropism for positions 6 (tyrosine in R5 to isoleucine in non-R5 for BBR) and 35, which presented substitution of amino acid arginine in R5 to serine in non-R5 for subsubtype F1, relevant position of the binding region to CD4. Thus, our findings conclude that evolutive strategies of coreceptor use could vary according to the viral subtype and that other viral genomic regions could be associated to this process. | |
| dc.format | application/pdf | |
| dc.language | por | |
| dc.rights | open access | |
| dc.subject | HIV-1 | |
| dc.subject | Tropismo | |
| dc.subject | Variação Genética | |
| dc.subject | HIV-1 | |
| dc.subject | Tropismo | |
| dc.subject | Variação Genética | |
| dc.title | Análise do uso diferencial dos correceptores de entrada pelos subtipos B (variante pandêmica e brasileira) e sub-subtipo F1 DO HIV-1 baseada na região V3 e a possível associação com posições de proteínas regulatórias e acessórias | |
| dc.type | Dissertation | |
